Implications of using an average relationship matrix in genetic evaluation for a population using multiple-sire...

Ambiguous paternity can be incorporated into the mixed model equations (MME) by including the average numerator relatinship matrix (average A), which averages the true sire-offspring relationship over the putative sires. A previous study has shown that some overestimation of genetic trend results from this substitution. A population of 40 breeding females and 2 breeding males was simulated 1,000 times with either random mating or sequential selection continuing for 8 breeding cycles. In the selection case candidates were ranked on estimated breeding values (EBVs) calculated from the MME with an animal model and the average A. Variances of the EBVs and prediction errors were computed. The results showed the average A incorrectly perceives both the variance of family sizes among males and the variance loss due to selection to be smaller. This will lead to an overestimation of genetic trend. ZUSAMMENFASSUNG: Folgerungen aus der Anwendung einer durchschnittlichen Verwandtschaftsmatrix bei der Zuchtwertschätzung für eine Population mit mehreren Vätern in einer Paarungsgruppe In den Mischmodellgleichungen kann eine unklare väterliche Abstammung durch die Verwendung einer durchschnittlichen Verwandtschaftsmatrix, die die Abstammung zu gleichen Teilen über die möglichen Väter aufteilt, berücksichtigt werden. Eine frühere Arbeit hat gezeigt, daß diese Maßnahme zu einer gewissen Überschätzung des genetischen Fortschritts führt. Eine Population mit 40 weiblichen und 2 männlichen Tieren wurde 1000mal über 8 Paarungsperioden simuliert und zwar mit und ohne gerichteter Selektion. Im Falle der Selektion wurden die Tiere aufgrund der mit einem Tiermodell und der durchschnittlichen Verwandtschaftsmatrix geschätzten Zuchtwerte geordnet. Die Varianzen der Zuchtwerte und der Schätzfehler wurden berechnet. Die Ergebnisse zeigen, daß durch eine durch-schnittliche Verwandtschaftsmatrix die Varianz der Größe der Nachkommensgruppen der Väter und der Verlust an genetischer Varianz aufgrund der Selektion unterschätzt wird. Dies führt zu einer Überschätzung des genetischen Fortschritts.