The Kiel RN experiment: final porcine chromosome 15 mapping results

A marker experiment with pigs from commercially selected lines is described. One important goal of the experiment was to map the porcine RN locus, a major gene responsible for lowered terminal pH and increased glycogen level in muscle tissue. Experimental families comprised 15 Piétrain × Hampshire boars, of which 14 were heterozygous at the RN locus, 61 homozygous rn(+) /rn(+) sows (five Landrace, 12 Large White, and 44 Landrace × Large White crossbreds), and 509 progenies, 496 of them from heterozygous boars, in total 585 animals. Genotyping was done for seven chromosome 15 microsatellite loci: Sw919, Sw964, S0088, Sw120, Sw906, Sw936, and Sw312. Genotype assignment for the RN locus was based on musculus longissimus dorsi glycogen content. The heterozygosity of markers ranged from 0.47 to 1 in boars and from 0.71 to 0.88 in sows. RN was mapped to the centre of an interval, flanked by Sw120 and the marker pair Sw906/Sw936. Male multipoint distances between RN and Sw120, Sw906, and Sw936 were estimated as 5 cM, 5 cM, and 6.9 cM, respectively. Two-point recombination rates between these markers and RN were 0.05 in all cases, with corresponding lod scores of 52.09, 29.30, and 42.53. Concordances and disconcordances of mapping results in the RN region from different studies are discussed. The male map length of the chromosome region covered was 68.8 cM, in contrast to the female map length of 124.7 cM. Significant differences in recombination rates between sexes were found in intervals Sw919-Sw964, Sw964-S0088, and Sw936-Sw312, but not in the neighbourhood of the RN gene. ZUSAMMENFASSUNG: Es wird ein Kartierungsexperiment mit Schweinen aus kommerziell genutzten Linien beschrieben. Vordringliches Ziel dieses Experimentes war es, das RN-Gen zu kartieren, das für einen erniedrigten End-pH-Wert und einen erhöhten Glykogengehalt im Musklegewebe verantwortlich ist. Die Daten stammen von 15 Hampshire × Piétrain Ebern, von denen 14 am RN Locus heterozygot waren, 61 homozygoten rn(+) /rn(+) Sauen (5 Landrasse-, 12 Large White und 44 Landrasse × Large White Kreuzungssauen) sowie 509 Nachkommen, 496 davon von heterozygoten Ebern, insgesamt also 585 Tiere. Für sieben Mikrosatellitenmarker auf Chromosom 15 wurden die Tiere typisiert: Sw919, Sw964, S0088, Sw120, Sw906 und Sw312. Die Bestimmung der Genotypen am RN-locus erfolgte anhand des Glykogenghalts im Musculus longissimus dorsi. Der Heterozygotiegrad der Marker lag zwischen 0, 47 und 1 bei Ebern und zwischen 0, 71 und 0, 88 bei den Sauen. Als Position des RN-Gens wurde die Mitte eines Intervalles bestimmt, der von dem Marker Sw120 sowie dem Markerpaar Sw906/Sw936 begrenzt wird. Für das männliche Geschlect wurden die Kartenabstände zwischen RN und Sw120, Sw906 und Sw936 in einer Mehrpunktanalyse auf 5 cM, 5 cM und 6, 9 cM geschätzt. Paarweise Schätzungen der Rekombinationsraten zwischen diesen Markern und RN betrugen in allen Fällen 0, 5, mit zugehörigen lod scores vol 52, 09, 29, 30 und 42, 53. übereinstimmungen und Diskrepanzen zwischen Kartierungsergebnissen verschiedener Arbeitsgruppen werden diskutiert. Die Kartenlänge des mit Markern abgedeckten Teils von Chromsom 15 betrug beim männlichen Geschlecht 68, 8 cM, im Gegensatz zu einer Länge von 124, 7 cM beim weiblichen Geschlecht. Signifikante Unterschiede in den Rekombinationsraten beider Geschlechter wurden in den Intervallen Sw919-Sw964, Sw964-S0088 und Sw936-Sw312 gefunden, nicht jedoch in der Umgebung des RN-Genes.