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Introducción: la anemia es un factor de riesgo en la población infantil con consecuencias graves para su crecimiento y desarrollo. Los programas de ayuda alimentaria pueden contribuir a su prevención y control. Objetivo: estudiar la adherencia al consumo de suplementos y su relación con la prevalencia de anemia en niños menores de tres años de edad en San Luis Potosí, México beneficiarios del programa PROSPERA.Métodos: se realizó un análisis comparativo en niños de 12 a 36 meses que consumen diferentes suplementos alimenticios: 414 pertenecientes al grupo de intervención y 334 al de comparación. Se midió la hemoglobina (Hb) por Hemocue clasificando como anémicos a quienes tuvieron valores <110 g/l. Se aplicaron pruebas de t de Student y X2. Se estimaron efectos de intervención mediante el método de diferencias en diferencias y un puntaje de adherencia al consumo de suplementos.Resultados: al final del estudio la prevalencia de anemia disminuyó 11.2 pp en el grupo de intervención y 8.7 pp en el de comparación; la interacción del puntaje de adherencia por suplemento y etapa de observación mostró que la adherencia al consumo de Bebida láctea + Vitaniño reduce el riesgo de presentar anemia (p = 0,14). El consumo de Nutrisano + Vitaniño se asoció con menor riesgo (0,2), ambos con respecto al consumo de Nutrisano.Conclusiones: el programa PROSPERA tuvo efectos importantes en la disminución de las prevalencias de anemia. Se recomienda llevar a cabo acciones para mejorar la adherencia al consumo de suplementos alimenticios, a fIn de mejorar la efectividad de los programas.