La certificación médica marítima es esencial para proteger la salud de la gente de mar y cumplir con convenios internacionales. En Costa Rica no existe una guía técnica oficial, lo que genera vacíos normativos, ético-legales y formativos, además de heterogeneidad en los criterios clínicos aplicados. Este estudio cualitativo y descriptivo, realizado entre mayo y octubre de 2023, incluyó una revisión documental de los convenios STCW y MLC 2006, guías OMI/OIT, normativa nacional y literatura científica, junto con entrevistas a 25 personas médicas. Los hallazgos evidenciaron ausencia de lineamientos nacionales, falta de capacitación especializada y variabilidad en la emisión del Certificado Médico Marítimo. La triangulación de datos permitió elaborar una propuesta de guía técnica con cuatro componentes: marco legislativo y administrativo, formación del médico evaluador, protocolo clínico estandarizado y formato del certificado. Esta propuesta busca estandarizar la evaluación, fortalecer la seguridad jurídica y mejorar la protección de la gente de mar.