Objetivo. Analizar la tendencia, prevalencia y factores asociados con enfermedad diarreica aguda (EDA) en niñas y niños (NN) <5 años en México (Encuesta Nacional de Salud y Nutrición [Ensanut] Continua 2021-2024) y su comparación con ediciones 2006, 2012 y 2018. Material y métodos. Se analizaron datos de la Ensanut Continua 2021-2024 (n= 8 112; N= 10 151 725) y se contrastaron con ediciones previas. Se estimaron razones de prevalencia crudas (RPc) y ajustadas (RPa) mediante modelo lineal generalizado binomial, a nivel nacional y estratificados por urbanidad (rural/urbano/metropolitano). Resultados. La prevalencia nacional disminuyó de 13.1% (2006) a 8.6% (2021-2024; p <0.001). A nivel nacional, el estrato metropolitano mostró mayor prevalencia que el rural (RPa= 1.5; IC95% 1.0,2.1). La edad fue el determinante principal: 1 año (RPa= 2.9; IC95% 2.0,4.2) y 2 años (RPa= 1.8; IC95% 1.3,2.6). Las niñas presentaron menor prevalencia que los niños (RPa= 0.8; IC95% 0.6,1.0). Se observaron diferencias regionales significativas y mayor prevalencia en quienes carecían de cobertura formal (RPa= 1.4; IC95% 1.0,1.8). Bienestar y escolaridad de la persona cuidadora no se asociaron de forma independiente. Conclusión. La EDA disminuyó, pero persisten desigualdades por edad, urbanidad, región y acceso efectivo a servicios. Se requieren intervenciones focalizadas en NN <2 años y fortalecimiento del manejo oportuno.