对单细胞多重成像数据的空间同定位方法的基准测试,适用于高等级的严重卵巢癌和三阴性乳腺癌

科学领域:

• 计算病理学计算病理学
• 空间生物学 空间生物学
• 癌症研究 癌症研究

背景情况:

• 单细胞多重成像 (scMI) 揭示了细胞表型和组织内的位置,这对于了解瘤微环境至关重要.
• 在scMI中量化免疫细胞空间共定位对于将瘤微环境特征与临床结果联系起来至关重要,但最佳空间指数仍然不清楚.

研究的目的:

• 在scMI数据中评估6个频率空间同定位指标的性能.
• 为了确定哪些空间索引具有足够的功率来检测样本内的同定位及其与患者存活率的关联.

主要方法:

• 模拟的scMI数据被用来评估六个空间共定位指标的功率和I型错误.
• 评估的指标应用于来自高度血清性卵巢癌 (HGSOC) 和三阴性乳腺癌 (TNBC) 研究的scMI数据集.

主要成果:

• 在模拟中,里普利的K和对相关性g证明了检测同定位的最高功率,优于其他指标.
• 对癌症数据集的分析证实,对相关性g和里普利的K对识别显著的共同定位最有效.
• 配对相关性g,里普利的K和scLMM指数显示,在将共同定位水平与患者存活率差异关联方面,灵敏度最大.

结论:

• 里普利的K和对相关性g是用于检测scMI数据中的空间共定位的强大索引.
• 这些指标与scLMM一起,对于研究免疫细胞空间组织与癌症研究中的患者存活率之间的关系是有价值的.