La estructura del NADH en la enzima dTDP-d-glucosa deshidratasa (RmlB)

Área de la Ciencia:

• La bioquímica es la bioquímica.
• Biología Estructural Biología estructural.
• Enzimología Enzimología.

Sus antecedentes:

• Streptococcus suis RmlB (dTDP-d-glucosa 4,6-deshidratasa) es crucial para la síntesis de la pared celular bacteriana.
• Comprender el mecanismo de RmlB es clave para desarrollar nuevos antibióticos.
• Las estructuras anteriores mostraron un anillo plano de nicotinamida en el cofactor.

Objetivo del estudio:

• Para aclarar la base estructural de la actividad de la enzima RmlB.
• Para investigar el papel de la conformación del cofactor en la catálisis enzimática.
• Para determinar la estructura de RmlB con nicotinamida ligada a la coenzima y un análogo de sustrato.

Principales métodos:

• Cristalografía de rayos X con una resolución de 1,5 A.
• Estudios espectroscópicos de un solo cristal.
• Ab initio cálculos de la estructura electrónica.

Principales resultados:

• Determinó la estructura de RmlB en un complejo abortivo con NADH y dTDP-xilosa.
• Se observó una conformación de barco del anillo dihidropiridina de NADH, a diferencia de las estructuras nativas.
• Se identificó un enlace interno de hidrógeno que estabiliza la conformación del barco.
• Los cálculos mostraron que esta conformación influye en la capacidad de donante de hidruro de NADH y el potencial redox.

Conclusiones:

• Las enzimas deshidratasas pueden modular el potencial redox de NADH a través de cambios en la conformación de los anillos de nicotinamida.
• Un residuo de tirosina en el sitio activo puede influir aún más en la transferencia de hidruro.
• El estudio proporciona información sobre los mecanismos catalíticos de las enzimas y los posibles objetivos farmacológicos.