Una técnica general para clasificar las afinidades de unión proteína-ligando y determinar la competencia del sitio de...

Área de la Ciencia:

• La bioquímica es la bioquímica.
• Biología Química Biología química.
• Descubrimiento de Drogas Descubrimiento de Drogas

Sus antecedentes:

• La química combinatoria ofrece un gran potencial para el descubrimiento de fármacos, pero requiere herramientas eficientes para la identificación y optimización de compuestos de plomo.
• Los métodos actuales para el análisis de la interacción proteína-ligando pueden ser intensivos en recursos y carecen de una clasificación completa del sitio de unión.
• El desarrollo de herramientas genéricas y eficientes es crucial para aprovechar la síntesis orientada a la diversidad en el desarrollo de fármacos.

Objetivo del estudio:

• Introducir y validar un nuevo método de espectrometría de masas de selección de afinidad (AS-MS) para la clasificación de la afinidad proteína-ligando y la clasificación del sitio de unión.
• Proporcionar una herramienta versátil aplicable a varios objetivos de proteínas y clases de ligandos en el descubrimiento de fármacos.
• Para permitir la estimación cuantitativa de afinidades vinculantes y cooperatividad sin análisis complejos.

Principales métodos:

• El método AS-MS implica la selección de afinidad de los compuestos de unión a proteínas de los conjuntos de ligandos utilizando un ligando competidor.
• Separación de los ligandos no unidos de los complejos proteína-ligando mediante cromatografía.
• Dissociación e identificación/cuantificación de los ligandos por espectrometría de masas (MS) para determinar la afinidad y el sitio de unión.

Principales resultados:

• Aplicación exitosa demostrada de AS-MS contra diversas clases de proteínas, incluidas las quinasas (Akt-1, Zap-70) y un receptor de acetilcolina muscarínica GPCR (M(2).
• Identificaron nuevos inhibidores ATP-competitivos y alostéricos, así como antagonistas no revelados anteriormente.
• Valida la capacidad del método para estimar cuantitativamente afinidades vinculantes y cooperatividad vinculante.

Conclusiones:

• El método AS-MS es una técnica poderosa y libre de etiquetas para la clasificación de la afinidad proteína-ligando y la clasificación del sitio de unión.
• No requiere ningún compuesto o modificación de proteínas y se puede realizar en solución.
• El método es altamente aplicable a la detección de alto rendimiento, la optimización de plomo y los estudios de relación estructura-actividad en el descubrimiento de fármacos.