Definición del regulador CREB: un análisis de todo el genoma de las regiones reguladoras del factor de transcripción

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular Biología Molecular
• La genómica es la genómica.
• La neurociencia es la neurociencia.

Sus antecedentes:

• El factor de transcripción CREB juega un papel vital en la regulación de procesos celulares cruciales como la diferenciación, la supervivencia y la plasticidad sináptica.
• Sin embargo, el conjunto completo de objetivos CREB responsables de mediar estas diversas respuestas celulares sigue siendo en gran medida no caracterizado.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar e implementar una nueva metodología para la identificación integral de los genes diana del CREB.
• Definir el panorama genómico de los sitios de unión de CREB y su asociación con genes anotados y elementos reguladores.

Principales métodos:

• Desarrollo del análisis en serie de la ocupación de la cromatina (SACO), una técnica que combina la inmunoprecipitación de la cromatina (ChIP) con un enfoque SAGE modificado (Análisis en serie de la expresión génica).
• Aplicación de SACO a las células PC12 de rata para generar una biblioteca de etiquetas de firma genómica (GST).
• Análisis bioinformático de GST para identificar loci genómicos únicos y confirmar la unión de CREB.

Principales resultados:

• Identificación de aproximadamente 41.000 etiquetas de firma genómica (GST) que se asignan a ubicaciones genómicas únicas.
• Confirmación de la vinculación de CREB en los loci soportados por múltiples GST, con 6302 loci identificados.
• Sobreposición significativa de los loci identificados con los genes anotados (40%), las islas CpG (49%) y los elementos de respuesta cAMP putativos (CREs) (72%).
• Descubrimiento de numerosos promotores bidireccionales y nuevas transcripciones antisentido asociadas con los sitios de unión del CREB.

Conclusiones:

• El método SACO proporciona un enfoque poderoso y completo para mapear los sitios de unión del factor de transcripción en todo el genoma.
• Este estudio presenta la definición más extensa hasta la fecha de los sitios de unión del factor de transcripción en una especie metazoaria.
• Los hallazgos ofrecen información crítica sobre la red reguladora gobernada por CREB, lo que afecta nuestra comprensión de la diferenciación celular, la supervivencia y la plasticidad.