Jove
Visualize
Contáctanos
JoVE
x logofacebook logolinkedin logoyoutube logo
ACERCA DE JoVE
Visión GeneralLiderazgoBlogCentro de Ayuda JoVE
AUTORES
Proceso de PublicaciónConsejo EditorialAlcance y PolíticasRevisión por ParesPreguntas FrecuentesEnviar
BIBLIOTECARIOS
TestimoniosSuscripcionesAccesoRecursosConsejo Asesor de BibliotecasPreguntas Frecuentes
INVESTIGACIÓN
JoVE JournalMethods CollectionsJoVE Encyclopedia of ExperimentsArchivo
EDUCACIÓN
JoVE CoreJoVE BusinessJoVE Science EducationJoVE Lab ManualCentro de Recursos para ProfesoresSitio de Profesores
Términos y Condiciones de Uso
Política de Privacidad
Políticas

Videos de Experimentos Relacionados

Acoplamiento flexible en solución mediante el uso de metadinamía.

Francesco Luigi Gervasio1, Alessandro Laio, Michele Parrinello

  • 1Computational Science, Department of Chemistry and Applied Biosciences, ETH Zürich, USI Campus, Via Giuseppe Buffi 13, CH-6900 Lugano, Switzerland. fgervasi@phys.chem.ethz.ch

Journal of the American Chemical Society
|February 24, 2005
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

Videos de Conceptos Relacionados

También podría leer

Artículos Relacionados

Artículos vinculados a este trabajo por autores compartidos, revista y gráfico de citas.

Ordenar por
Same author

Application of Language Models for the Analysis of Adverse Drug Events in Pharmaceutical Research and Development: Scoping Review.

JMIR AI·2026
Same author

Structural and dynamic basis of indirect apoptosis inhibition by Bcl-xL: A case study with Bid.

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America·2026
Same author

Scale adaptive and robust intrinsic dimension estimation via optimal neighbourhood identification.

Scientific reports·2026
Same author

Enzyme Reset: Water-Mediated Tautomerization Restores the Catalytic Asparagine in Protein <i>O</i>-Fucosyltransferase 1.

Journal of chemical information and modeling·2026
Same author

Ceci n'est pas un committor, yet it samples like one: Efficient sampling via approximated committor functions.

The Journal of chemical physics·2026
Same author

A Transferable and Robust Computational Framework for Class A GPCR Activation Free Energies.

The journal of physical chemistry letters·2026
Same journal

Proton-Gated Torsional Spring for Molecular Energy Storage.

Journal of the American Chemical Society·2026
Same journal

Topologically Programmed Dual-Channel Covalent Organic Frameworks Decouple Gas and Ion Fluxes for Acidic CO<sub>2</sub> Electroreduction.

Journal of the American Chemical Society·2026
Same journal

Plasmonic Re-Excitation Enables Superoxide-Mediated Ethane Conversion to Acetic Acid under Visible Light.

Journal of the American Chemical Society·2026
Same journal

Photocatalytic Controlled Halodefluorination of Perfluoroalkyl Compounds Using <i>N</i>-Arylphenothiazines.

Journal of the American Chemical Society·2026
Same journal

Photoinduced Disproportionation Enables Oxidative Addition of Aryl Iodides at a Gallium(I) Center.

Journal of the American Chemical Society·2026
Same journal

Biocatalytic C3 β-<i>O</i>-Glycosylation of Triterpenes and Sterols to Synthesize Natural and Unnatural Saponins.

Journal of the American Chemical Society·2026
Ver todos los artículos relacionados

Un nuevo método de metadinámica predice con precisión la geometría de acoplamiento de ligandos y la energía libre de unión para receptores flexibles. Reconstruye el paisaje completo de la energía libre, ofreciendo una visión mejorada de las interacciones moleculares.

Área de la Ciencia:

  • Química computacional es la química computacional.
  • Dinámica molecular La dinámica molecular es la dinámica molecular.
  • La biofísica es la biofísica.

Sus antecedentes:

  • Las interacciones ligando-proteína son cruciales en el descubrimiento de fármacos.
  • La predicción precisa de la energía libre de unión y la geometría sigue siendo un desafío.
  • Los receptores flexibles y los ambientes acuosos complican las simulaciones de acoplamiento.

Objetivo del estudio:

  • Aplicar un nuevo método de metadinámica para las simulaciones de acoplamiento de ligandos.
  • Para reconstruir la superficie completa de energía libre de las interacciones ligando-receptor.
  • Para validar el método en diversos sistemas biológicos.

Principales métodos:

  • Desarrollo y aplicación de una nueva técnica de simulación de metadinamía.

Videos de Experimentos Relacionados

  • Simulación de las dinámicas de entrada/salida de ligandos para mapear paisajes de energía libre.
  • Prueba del método en cuatro complejos ligando-receptor distintos (beta-tripsina, inmunoglobulina, quinasa 2) y en el mismo grupo.

    • Principales resultados:

    • El método de metadinámica predijo con éxito geometrías acopladas para todos los casos probados.
    • Se determinó la energía libre exacta de acoplamiento para cada par de receptores de ligando.
    • El método reveló superficies completas de energía libre, incluyendo mínimos y barreras de transición.

    Conclusiones:

    • El enfoque metadinámico desarrollado proporciona una herramienta robusta para el acoplamiento ligando-receptor.
    • Ofrece una visión integral del proceso de enlace, superando los métodos existentes.
    • Este método mejora la comprensión del reconocimiento molecular y la termodinámica de unión.