Una estrategia de proteólisis ortogonal en tándem para la proteómica química de alto contenido

Área de la Ciencia:

• La proteómica es la proteómica.
• Biología Química Biología química.
• Enzimología Enzimología.

Sus antecedentes:

• La proteómica tiene como objetivo anotar funcionalmente los genomas, con estrategias químicas como el perfil de proteínas basado en la actividad (ABPP) que enriquecen las proteínas por función.
• Las tecnologías analíticas existentes limitan los datos obtenidos en experimentos proteómicos químicos.
• Se necesitan métodos avanzados para caracterizar las proteínas etiquetadas con sonda y sus sitios de modificación.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una estrategia de proteómica química de alto contenido para la caracterización paralela de proteínas etiquetadas con sonda y sitios de modificación.
• Para aplicar esta estrategia para identificar objetivos de éster de sulfonato ABPP sondas en proteomas de tejidos.

Principales métodos:

• Desarrollo de una estrategia de proteólisis ortogonal en tándem (TOP).
• Utilizando "química de clic" para etiquetar proteínas etiquetadas con sonda con biotina y un sitio de escisión de proteasa del virus del grabado del tabaco (TEV).
• Enriquecimiento secuencial e identificación de proteínas y péptidos etiquetados utilizando cuentas de estreptavidina y proteólisis en dos pasos (tripsina y TEV).

Principales resultados:

• Aplicación exitosa del método TOP para caracterizar objetivos de las sondas ABPP del éster sulfonato en proteomas de tejidos.
• Descubrimiento de numerosas enzimas etiquetadas en el sitio activo.
• Identificación de enzimas modificadas en sitios reguladores y proteínas de función desconocida.

Conclusiones:

• La estrategia TOP permite la proteómica química de alto contenido, permitiendo la caracterización paralela de objetivos de sondas y sitios de modificación.
• Las sondas de éster de sulfonato se dirigen a una amplia gama de residuos funcionales, incluidos los sitios activos y reguladores.
• La proteómica química basada en TOP es valiosa para caracterizar las proteínas y sus residuos reguladores.