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Using an Automated 3D-tracking System to Record Individual and Shoals of Adult Zebrafish
Published on: December 5, 2013
Conservación de la función reguladora de RET del ser humano al pez cebra sin similitud de secuencia
Shannon Fisher1, Elizabeth A Grice, Ryan M Vinton
1McKusick-Nathans Institute of Genetic Medicine, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21205, USA. sfisher@jhmi.edu
Science (New York, N.Y.)
|March 25, 2006
Resumen
La conservación de la secuencia evolutiva ayuda a identificar el ADN regulador. Sin embargo, muchas secuencias funcionales no codificantes, particularmente en el gen RET, pueden pasarse por alto con solo búsquedas de similitud.
Área de la Ciencia:
- La genómica es la genómica.
- Biología del desarrollo Biología del desarrollo.
- Biología evolutiva Biología evolutiva.
Sus antecedentes:
- La conservación de la secuencia evolutiva es un método común para identificar elementos reguladores funcionales no codificantes.
- El proto-oncogén RET juega un papel crucial en el desarrollo de la cresta neural y está implicado en varios tipos de cáncer.
Objetivo del estudio:
- Investigar la capacidad funcional de las secuencias no codificantes de teleost y mamíferos en el locus ret/RET utilizando un ensayo transgénico.
- Para determinar si los enfoques de similitud de secuencia capturan adecuadamente todos los elementos regulatorios funcionales.
Principales métodos:
- Utilizó un ensayo transgénico basado en transposones en peces cebra.
- Evaluó la actividad reguladora de secuencias no codificantes conservadas de los loci RET de peces cebra (teleósteo) y humanos (mamíferos).
- Monitoreó la expresión génica del reportero para evaluar la regulación específica del locus.
Principales resultados:
- La mayoría de las secuencias no codificantes de teleósteos del locus retal impulsaron la expresión génica del reportero específicamente en el pez cebra.
- Muchas secuencias de teleost exhibieron control regulatorio superpuesto, lo que indica redes regulatorias complejas.
- La mayoría de las secuencias humanas no codificantes de RET también dirigieron la expresión específica de la retina en el pez cebra.
- Se detectaron elementos reguladores funcionales incluso en regiones con poca similitud de secuencia.
Conclusiones:
- Los ensayos transgénicos revelan información de secuencia no codificante funcional significativa que no se puede detectar solo por la similitud de la secuencia.
- Los elementos no codificantes conservados en los vertebrados pueden retener funciones reguladoras conservadas.
- La dependencia actual de la conservación de la secuencia puede subestimar la extensión del ADN no codificante funcional, particularmente para genes como RET.
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