Un potenciador distal y un exón ultraconservado se derivan de un nuevo retroposón

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología evolutiva Biología evolutiva.
• Biología Molecular Biología Molecular

Sus antecedentes:

• Los genomas de los vertebrados contienen numerosos elementos cis-reguladores altamente conservados, pero sus orígenes evolutivos, especialmente en los invertebrados, siguen siendo en gran medida desconocidos.
• La genómica comparativa predice miles de regiones más conservadas, sin embargo, sus secuencias ancestrales a menudo no se pueden rastrear a través de la similitud de secuencias.

Objetivo del estudio:

• Para investigar los orígenes evolutivos de las regiones no codificantes conservadas en los genomas de tetrápodos.
• Para identificar la fuente de secuencias genómicas altamente conservadas específicas de vertebrados.

Principales métodos:

• Genómica comparativa para rastrear regiones conservadas entre especies.
• Identificación y caracterización de una nueva familia de retroposones de elementos repetitivos intercalados cortos (SINE).
• Análisis funcional utilizando ensayos de potenciador de ratón para probar la actividad reguladora.
• Análisis de secuencias para identificar exones empalmados alternativamente dentro de los genes.

Principales resultados:

• Una clase de regiones no codificantes conservadas en tetrápodos se originó en una familia SINE específica de Sarcopterygians activa hace al menos 410 millones de años.
• Un elemento derivado de SINE funciona como un potenciador para el gen del desarrollo neurológico ISL1.1.
• Otras copias de SINE se han extraído como exones empalmados alternativamente en genes como PCBP2, incluida una región ultraconservada.

Conclusiones:

• Los elementos transponibles, específicamente los SINEs, pueden ser extraídos en elementos genómicos funcionales, contribuyendo a las secuencias conservadas en los vertebrados.
• Este estudio proporciona un nuevo origen para un subconjunto de secuencias genómicas altamente conservadas específicas de vertebrados.
• Los hallazgos ponen de relieve la dinámica interacción evolutiva entre los elementos repetitivos y los genomas del huésped.