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Nucleosome Remodeling02:54

Nucleosome Remodeling

Nucleosomes are the basic units of chromatin compaction. Each nucleosome consists of the DNA bound tightly around a histone core, which makes the DNA inaccessible to DNA binding proteins such as DNA polymerase and RNA polymerase. Hence, the fundamental problem is to ensure access to DNA when appropriate, despite the compact and protective chromatin structure.
Nucleosome remodeling complex
Eukaryotic cells have specialized enzymes called ATP-dependent nucleosome remodeling enzymes. These enzymes...
DNA Topoisomerases02:02

DNA Topoisomerases

Topoisomerases are enzymes that relax overwound DNA molecules during various cell processes, including DNA replication and transcription. These enzymes regulate positive and negative DNA supercoiling without changing the nucleotide sequence. DNA overwinding in a clockwise direction results in positively supercoiled DNA, whereas underwinding in a counterclockwise direction produces negatively supercoiled DNA.
Types and Mechanism of action
Topoisomerases are divided into two main types.  Type I...
The Replisome03:01

The Replisome

DNA replication is carried out by a large complex of proteins that act in a coordinated matter to achieve high-fidelity DNA replication. Together this complex is known as the DNA replication machinery or the replisome.
The synthesis of the leading and lagging strands is a highly coordinated process. To explain this, the “Trombone model” was proposed by Bruce Alberts in 1980. The DNA loop formation starts when a primer is synthesized on the parent lagging strand. The loop grows with the...

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Thayaparan Paramanathan1, Fredrik Westerlund, Micah J McCauley

  • 1Department of Physics, Northeastern University, Boston, Massachusetts 02115, USA.

Journal of the American Chemical Society
|March 4, 2008
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

El complejo de rutenio DeltaDelta-P necesita ADN derretido para unirse. La aplicación de fuerza al ADN reduce mecánicamente esta barrera de fusión, lo que permite una unión más rápida y revela que solo se necesita una fusión de un par de bases para el enhebrado.

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Área de la Ciencia:

  • La biofísica es la biofísica.
  • Biología Química Biología química.
  • La biofísica molecular es la biofísica molecular.

Sus antecedentes:

  • Los complejos de rutenio se investigan para la intercalación del ADN.
  • La fusión del ADN es un requisito previo para el enhebrado de ligandos como DeltaDelta-P.
  • Se observan bajas tasas de unión en experimentos a granel debido a eventos raros de fusión del ADN.

Objetivo del estudio:

  • Para investigar la manipulación mecánica de las barreras de fusión del ADN.
  • Para determinar la dependencia de fuerza del enhebrado de ADN por DeltaDelta-P.
  • Para aclarar el requisito mínimo de fusión de ADN para la unión de ligandos.

Principales métodos:

  • Experimentos de estiramiento de una sola molécula de ADN.
  • Aplicando una fuerza mecánica controlada al ADN.
  • Medición de las tasas de unión de DeltaDelta-P al ADN bajo fuerza.

Principales resultados:

  • El estiramiento de una sola molécula de ADN reduce la barrera a la fusión del ADN.
  • La velocidad de roscado del ADN por DeltaDelta-P muestra una dependencia exponencial de la fuerza aplicada.
  • La velocidad de unión está directamente correlacionada con la fuerza mecánica, consistente con los modelos teóricos.

Conclusiones:

  • La fuerza mecánica se puede utilizar para controlar la unión del ligando al ADN.
  • Solo un solo par de bases fundido transitoriamente es suficiente para el enhebrado de ADN por DeltaDelta-P.
  • Este estudio proporciona información sobre las interacciones ADN-ligando y el control mecánico.