La estabilidad de la proteína desplegada de forma nativa como una transición de bobina a glóbulo en el espacio de...

Área de la Ciencia:

• La estructura de las proteínas y las proteínas intrínsecamente desordenadas.
• Biofísica computacional y dinámica molecular.

Sus antecedentes:

• La correlación carga / hidropatía predice empíricamente las secuencias de proteínas desplegadas de forma nativa en función de las propiedades de los residuos.
• El éxito de esta correlación se basa en la independencia de la longitud de la cadena para distinguir las conformaciones expandidas y compactas.

Objetivo del estudio:

• Para investigar la conformación del polipéptido utilizando simulaciones de grano grueso a través de propiedades de secuencia variables.
• Explorar el papel de los contreriones en la estabilización de las estructuras proteicas y su relación con las correlaciones existentes.

Principales métodos:

• Simulaciones extensas de polipéptidos de grano grueso con diversas hidrofobidades, cargas y longitudes.
• La inclusión explícita de counterions para modelar las interacciones electrostáticas y los efectos de condensación.
• Comparación de los resultados de la simulación con las predicciones teóricas de la condensación de counterion.

Principales resultados:

• Se observó una transición de bobina a glóbulo en el espacio de composición de secuencia, análoga a la correlación carga / hidropatía.
• Un límite estable, independiente de la longitud de la secuencia, se logró sólo con contriones explícitas.
• La condensación del conterión estabilizó cuantitativamente las interacciones electrostáticas repulsivas en la superficie del glóbulo.

Conclusiones:

• Los contrarios son esenciales para lograr límites de estabilidad independientes de la longitud de la secuencia en modelos de polipéptidos.
• Los hallazgos apoyan la importancia de las interacciones electrostáticas y los efectos de contra-ion en el plegamiento de las proteínas y las proteínas intrínsecamente desordenadas.
• El modelo minimalista puede extenderse para incorporar otros factores que influyen en el trastorno conformacional.