Una visión global de la actividad génica y el empalme alternativo mediante la secuenciación profunda del...

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología Molecular Biología Molecular
• La transcriptómica es el campo de la transcripción.

Sus antecedentes:

• La complejidad del transcriptoma humano sigue siendo incompletamente entendida.
• La secuenciación de alto rendimiento ofrece métodos avanzados para el análisis transcriptómico.

Objetivo del estudio:

• Para realizar la secuenciación de alto rendimiento del transcriptoma humano a partir de riñón embrionario humano y líneas de células B.
• Identificar nuevas uniones de empalme y caracterizar eventos de empalme alternativos.
• Para comparar las capacidades de detección de genes de la secuenciación de ARN (RNA-Seq) con microarrays.

Principales métodos:

• Secuenciación de escopeta de las transcripciones de ARN mensajero (ARNm).
• El análisis bioinformático para mapear la secuencia lee las ubicaciones genómicas.
• Identificación y catalogación de eventos de empalme de ARN mensajero (ARNm).

Principales resultados:

• El 50% de las transcripciones secuenciadas se asignaron a ubicaciones genómicas únicas, con el 80% de las que corresponden a exones conocidos.
• El 66% del transcriptoma poliadenilado se mapeó a genes conocidos, mientras que el 34% se mapeó a regiones no anotadas.
• RNA-Seq detectó un 25% más de genes que los microarrays e identificó 94.241 uniones de empalme, incluyendo 4096 previamente desconocidas.
• El salto de exones fue identificado como la forma más común de empalme alternativo.

Conclusiones:

• El RNA-Seq de alto rendimiento proporciona una visión más completa del transcriptoma humano que los microarrays.
• Una porción significativa de los mapas del transcriptoma a regiones no anotadas, lo que sugiere funciones genómicas no descubiertas.
• El estudio amplía significativamente el catálogo de uniones de empalme conocidas y destaca la prevalencia del salto de exones en el empalme alternativo.