La estabilidad relativa de las hélices determina el paisaje plegable de los aptameros de riboswitch de adenina

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular Biología Molecular
• La biofísica es la biofísica.
• Biología computacional Biología computacional.

Sus antecedentes:

• Los riboswitches son moléculas de ARN que regulan la expresión génica mediante la detección de metabolitos.
• El plegamiento del dominio aptamer influye en la plataforma de expresión aguas abajo, controlando la salida de genes.
• Comprender el plegamiento del riboswitch es crucial para descifrar la regulación génica.

Objetivo del estudio:

• Para caracterizar cuantitativamente el panorama energético del aptamer. añadir riboswitch.
• Investigar el papel de la unión de la adenina en el plegamiento y la estabilidad del aptamer.
• Para dilucidar la interacción entre el plegamiento del aptamer y el control de la expresión génica aguas abajo.

Principales métodos:

• Experimentos de desdoblamiento y replegamiento de la fuerza mecánica.
• Simulaciones de modelos de polímero autoorganizado de grano grueso.
• Simulaciones de la dinámica browniana.

Principales resultados:

• Se identificaron múltiples estados de plegamiento durante el plegamiento del aptamer, con y sin adenina.
• La unión a la adenina estabiliza significativamente la estructura plegada del aptamero.
• La unión a la adenina disminuye la velocidad de despliegue del aptamer, lo que influye en la regulación génica.

Conclusiones:

• Los moduladores de unión a la adenina añaden estabilidad al aptamer del riboswitch y dinámica de plegado.
• El plegamiento del aptamer compite con la formación del bucle del tallo aguas abajo en el riboswitch.
• Estos hallazgos ofrecen información sobre los mecanismos moleculares de la regulación génica basada en ARN.