Un interactoma de cromatina humana ligado al receptor alfa del estrógeno

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología Molecular Biología Molecular
• La epigenética es la epigenética.

Sus antecedentes:

• Los genomas poseen estructuras 3D complejas que permiten interacciones funcionales entre elementos de ADN distantes.
• Los factores de transcripción a menudo se unen a los elementos reguladores lejos de los promotores de genes.
• Estudios anteriores exploraron las interacciones de cromatina de largo alcance en loci específicos, pero faltaba el análisis de todo el genoma.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una nueva estrategia para detectar las interacciones globales de la cromatina.
• Mapear exhaustivamente la red de interacción de la cromatina unida por el receptor de estrógeno alfa (ER-alfa) en el genoma humano.

Principales métodos:

• Desarrollo del análisis de la interacción de la cromatina por secuenciación de etiquetas de extremo emparejado (ChIA-PET).
• Aplicación de ChIA-PET para la detección de novo de las interacciones de la cromatina global.
• Mapeo de las interacciones de la cromatina ligada a ER-alfa en el genoma humano.

Principales resultados:

• La mayoría de los sitios remotos de unión ER-alfa de alta confianza están anclados en promotores de genes a través de interacciones de cromatina de largo alcance.
• ER-alfa parece funcionar a través de un extenso bucle de cromatina.
• Este mecanismo de bucle reúne genes para una regulación transcripcional coordinada.

Conclusiones:

• Las interacciones de la cromatina son un mecanismo primario para la regulación de la transcripción en los genomas de los mamíferos.
• El método ChIA-PET desarrollado permite el mapeo de todo el genoma de las redes de interacción de la cromatina.
• ER-alpha utiliza interacciones de largo alcance para el control coordinado de la expresión génica.