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RNA-seq03:21

RNA-seq

RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while microarray-based...
Next-generation Sequencing03:00

Next-generation Sequencing

The first human genome sequencing project cost $2.7 billion and was declared complete in 2003, after 15 years of international cooperation and collaboration between several research teams and funding agencies. Today, with the advent of next-generation sequencing technologies, the cost and time of sequencing a human genome have dropped over 100 fold.
Next-Generation Sequencing Methods
Although all next-generation methods use different technologies, they all share a set of standard features.

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Genética del transcriptoma utilizando secuenciación de segunda generación en una población caucásica.

Stephen B Montgomery1, Micha Sammeth, Maria Gutierrez-Arcelus

  • 1Department of Genetic Medicine and Development, University of Geneva Medical School, Geneva, 1211 Switzerland. stephen.montgomery@unige.ch

Nature
|March 12, 2010
PubMed
Resumen

La secuenciación de alto rendimiento del transcriptoma revela más variantes genéticas que influyen en la expresión génica (eQTL) y el empalme alternativo que los microarrays. Esta tecnología avanzada mejora nuestra comprensión de los impactos genéticos en los procesos celulares.

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Área de la Ciencia:

  • La genómica es la genómica.
  • La transcriptómica es el campo de la transcripción.
  • La bioinformática es la bioinformática.

Sus antecedentes:

  • La expresión génica es un fenotipo clave que refleja las influencias genéticas y ambientales en los estados celulares.
  • Los microarrays se han utilizado para identificar variantes genéticas que afectan la expresión génica, pero ofrecen una resolución limitada.
  • Las tecnologías de secuenciación de segunda generación proporcionan análisis de transcriptomas de alta resolución.

Objetivo del estudio:

  • Aprovechar la secuenciación de alto rendimiento para identificar variantes genéticas que influyen en la expresión génica y la estructura de la transcripción.
  • Para comparar el poder de descubrimiento de la secuenciación frente a los microarrays para la expresión de loci de rasgos cuantitativos (eQTLs).
  • Explorar la expresión específica del alelo y su papel en la variación de la transcripción.

Principales métodos:

  • Secuenciación de la fracción de ARNm del transcriptoma en 60 individuos de ascendencia europea (HapMap).
  • Integración de datos de secuenciación con variantes genéticas del proyecto HapMap3.
  • Cuantificación de la abundancia de exones y transcripciones completas utilizando profundidad de lectura.
  • Análisis de pequeños polimorfismos de nucleótidos (SNPs) para el descubrimiento de eQTL.
  • Evaluación de la expresión específica del alelo.

Principales resultados:

  • La secuenciación de alto rendimiento ofrece un rango dinámico comparable a las matrices con una cuantificación superior de transcripciones alternativas y abundantes.
  • La correlación SNP basada en secuenciación identificó significativamente más eQTL que los métodos basados en matrices.
  • Se detectó un número sustancial de variantes que influyen en la estructura de transcripción madura, lo que indica roles en el empalme alternativo.
  • El análisis de la expresión específica del alelo permitió el descubrimiento de eQTL raros y diferencias alélicas en la estructura de la transcripción.

Conclusiones:

  • Las tecnologías de secuenciación de alto rendimiento ofrecen nuevos conocimientos sobre los efectos genéticos en el transcriptoma.
  • Estas tecnologías superan a los microarrays en la identificación de eQTL y la caracterización de la variación transcriptómica.
  • El estudio destaca el potencial para explorar las influencias genéticas en los procesos celulares complejos a través de la secuenciación avanzada.