Análisis genético de la variación en la unión del factor de transcripción en levaduras

Área de la Ciencia:

• Genética La genética.
• Biología Molecular Biología Molecular
• Biología de Sistemas Biología de Sistemas.

Sus antecedentes:

• La variación de la regulación transcripcional es un factor clave de la diversidad fenotípica.
• Faltan estudios a escala mundial sobre la variabilidad de la unión al factor de transcripción y su base genética.

Objetivo del estudio:

• Para mapear la variación de unión del factor de transcripción en todo el genoma entre individuos.
• Para identificar los loci genéticos (cis- y trans-actuación) subyacentes a la diversidad de unión al factor de transcripción.
• Investigar las consecuencias funcionales de la variación de la unión en la expresión génica.

Principales métodos:

• La inmunoprecipitación de cromatina junto con la secuenciación del ADN (ChIP-seq) se utilizó para determinar los perfiles de unión Ste12 de todo el genoma.
• El análisis se realizó en 43 segregantes de un cruce entre dos cepas de levadura divergentes y sus líneas parentales.
• El mapeo genético se empleó para identificar los loci asociados con la variación de enlace.

Principales resultados:

• Se identificó una amplia variación de unión a Ste12 entre individuos.
• Se encontró que la mayoría de las variaciones eran cis-vinculadas, a menudo asociadas con polimorfismos en los motivos de unión Ste12 y los de sus cofactores.
• Se identificaron dos nuevos factores de acción trans, AMN1 y FLO8, como reguladores de la unión de Ste12.
• La variación de unión de Ste12 se correlacionó fuertemente con cambios en la expresión génica en más de 200 genes, particularmente aquellos involucrados en la organización de la pared celular.

Conclusiones:

• Este estudio aclara la base genética de la diversidad de unión al factor de transcripción en todo el genoma.
• Se descubrieron nuevos reguladores genéticos (AMN1, FLO8) de la unión del factor de transcripción y la actividad génica.
• Los hallazgos destacan la importancia funcional de la variación de enlace en la conducción de la diversidad molecular y fenotípica.