Estudio de asociación genómica de los VNC en 16.000 casos de ocho enfermedades comunes y 3.000 controles compartidos

Área de la Ciencia:

• Genética La genética.
• La genómica es la genómica.
• Estudios de asociación de enfermedades Estudios de asociación de enfermedades.

Sus antecedentes:

• Las variantes del número de copias (CNV) son una fuente significativa de variación genética humana.
• Se supone que las CNV influyen en la susceptibilidad a enfermedades comunes.

Objetivo del estudio:

• Para llevar a cabo un estudio de asociación a gran escala y en todo el genoma que investigue el vínculo entre los VNC y ocho enfermedades humanas comunes.
• Determinar la contribución de las CNV comunes a la arquitectura genética de las enfermedades prevalentes.

Principales métodos:

• Genotipización de aproximadamente 19,000 individuos a través de 3,432 CNV polimórficos utilizando una matriz personalizada.
• El análisis incluyó la identificación de artefactos técnicos, pruebas de asociación y estudios de replicación.

Principales resultados:

• Artefactos técnicos identificados, como las diferencias de la fuente de ADN, que pueden causar asociaciones de falsos positivos.
• Se han confirmado asociaciones entre los VNC y enfermedades específicas en tres loci (IRGM para la enfermedad de Crohn, HLA para la enfermedad de Crohn, artritis reumatoide y diabetes tipo 1, TSPAN8 para la diabetes tipo 2).
• Estos loci fueron previamente identificados a través de estudios de polimorfismo de nucleótido único (SNP), lo que indica que las CNV comunes a menudo están etiquetadas por SNPs.

Conclusiones:

• Es poco probable que los VNC comunes, en particular los detectables por las plataformas actuales, sean los principales impulsores de enfermedades humanas comunes.
• La mayoría de las CNV comunes están bien etiquetadas por SNP, lo que sugiere que su contribución potencial ha sido evaluada indirectamente en investigaciones previas basadas en SNP.