La unión del cofactor evoca diferencias latentes en la especificidad de unión al ADN entre las proteínas Hox

Área de la Ciencia:

• Biología Molecular Biología Molecular
• Genética La genética.
• La bioquímica es la bioquímica.

Sus antecedentes:

• Las familias de factores de transcripción comparten similitudes de unión al ADN, pero tienen distintas funciones in vivo.
• Los factores de transcripción a menudo se unen al ADN como complejos multiproteicos, lo que sugiere especificidades de unión al ADN alteradas.

Objetivo del estudio:

• Para investigar si la formación de complejos de factores de transcripción modifica las especificidades de unión al ADN.
• Desarrollar un método para determinar las afinidades de secuencias de ADN de complejos de factores de transcripción.

Principales métodos:

• Desarrolló SELEX-seq, una plataforma experimental y computacional.
• Se aplicó SELEX-seq a las ocho proteínas de Drosophila Hox y al cofactor Extradenticle-Homothorax (Exd).

Principales resultados:

• Las proteínas de Drosophila Hox exhiben nuevas propiedades de reconocimiento de ADN cuando se complejan con Exd.
• Las especificidades de Exd-Hox se dividen en tres clases, alineadas con la colinealidad del gen Hox.
• Las predicciones de la estructura del ADN indican distintas preferencias de topografía de ranura menor para las proteínas Hox anterior y posterior.

Conclusiones:

• Las interacciones de cofactores, como Exd con proteínas Hox, conducen a propiedades emergentes de reconocimiento de ADN.
• Estas propiedades emergentes contribuyen a la especificidad in vivo de los factores de transcripción.