Las ondas de expansión del retrotransposón remodelan la organización del genoma y la unión del CTCF en múltiples...

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología evolutiva Biología evolutiva.
• Biología Molecular Biología Molecular

Sus antecedentes:

• Las ubicaciones de unión al CTCF son elementos cruciales del ADN regulador que están evolutivamente restringidos.
• Comprender su conservación y propagación genómica es clave para descifrar la evolución del genoma.

Objetivo del estudio:

• Para definir el espectro completo de los sitios de unión CTCF, incluyendo un motivo específico.
• Para identificar ubicaciones conservadas de unión a CTCF en múltiples especies de mamíferos.
• Investigar el papel de los retroelementos en la expansión y evolución de la obligación del CTCF.

Principales métodos:

• Análisis comparativo de los datos ChIP-seq de seis especies de mamíferos.
• Identificación de los sitios de unión CTCF conservados utilizando un motivo robusto.
• Análisis bioinformático para detectar elementos de repetición asociados con los sitios del CTCF.

Principales resultados:

• Se identificaron más de cinco mil ubicaciones de unión CTCF altamente conservadas, robustas e independientes de los tejidos.
• Se encontró que la activación de retroelementos causaba expansiones específicas de la especie de unión de CTCF en roedores, perros y zarigüeyas.
• Estos sitios expandidos de unión al CTCF a menudo funcionan como aisladores de la cromatina y la transcripción.
• Se descubrieron elementos de repetición fosilizados flanqueando regiones de unión CTCF profundamente conservadas, lo que indica una antigua actividad de retrotransposón.

Conclusiones:

• La dispersión por repetición es un mecanismo fundamental, antiguo y activo en la evolución del genoma de los mamíferos.
• La actividad del retrotransposón ha dado forma a la distribución y función de los sitios de unión al CTCF a lo largo de la evolución de los mamíferos.
• Los sitios de unión de CTCF juegan un papel crítico en el mantenimiento de la estructura del genoma y la regulación de la expresión génica a través del tiempo evolutivo.