El perfil del potenciador epigenómico define una firma del cáncer de colon

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• La epigenética es la epigenética.
• Biología del cáncer Biología del cáncer.

Sus antecedentes:

• El cáncer está marcado por una expresión génica alterada.
• Los elementos reguladores distales, como los potenciadores, influyen significativamente en los patrones de transcripción.
• Investigaciones anteriores han examinado principalmente secuencias de codificación y promotores.

Objetivo del estudio:

• Para investigar el papel de los cambios de la actividad del potenciador en el cáncer de colon.
• Para identificar una firma genómica predictiva del transcriptoma del cáncer de colon.
• Explorar el vínculo entre las variantes de riesgo genético y las alteraciones del potenciador en el cáncer de colon.

Principales métodos:

• Utilizó la marca de histona H3K4me1 para el análisis de la actividad del potenciador de todo el genoma.
• Comparación de la actividad del potenciador en las líneas primarias de cáncer de colon frente a las criptas normales de colon.
• Los loci potenciadores de variantes analizados (VEL) y su asociación con las variantes de riesgo genético.

Principales resultados:

• Se identificaron miles de loci potenciadores de variantes (VEL) en todo el genoma.
• Las VEL forman una firma que predice de manera robusta el transcriptoma del cáncer de colon in vivo.
• Las VEL están enriquecidas en bloques de haplotipos que contienen variantes de riesgo genético de cáncer de colon.

Conclusiones:

• Los cambios reproducibles en el epigenoma en los elementos potenciadores impulsan programas transcripcionales específicos en el cáncer de colon.
• Los loci potenciadores variantes (VEL) están implicados en la patogénesis del cáncer de colon.
• Los cambios en la actividad del potenciador son un factor crítico en la carcinogénesis del colon.