Comparación de anotaciones epigenómicas del ADN regulador

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• La epigenética es la epigenética.
• Biología evolutiva Biología evolutiva.

Sus antecedentes:

• La anotación funcional de las secuencias de ADN reguladoras es un reto a pesar de los vastos datos genómicos.
• Comprender los elementos reguladores es crucial para descifrar la expresión génica y la función celular.

Objetivo del estudio:

• Introducir y validar la epigenómica comparativa como método para anotar el genoma regulador.
• Para identificar patrones epigenómicos conservados entre especies para el descubrimiento de elementos reguladores.

Principales métodos:

• Epigenómica comparativa que implica la comparación entre especies de las modificaciones del ADN y las histonas.
• Análisis de distribución genómica de la metilación de la citosina, las marcas de histona (H2A.Z, H3K4me1/2/3, H3K9me3, H3K27me3, H3K27ac, H3K36me3), el ARN y la unión del factor de transcripción en células madre humanas, de ratón y de cerdo.
• Análisis de correlación entre los cambios evolutivos epigenómicos y transcriptómicos.

Principales resultados:

• La conservación epigenómica se observó en secuencias de ADN que evolucionan rápida y lentamente, pero no en las que evolucionan de forma neutral.
• Se encontró una correlación lineal entre los cambios evolutivos en el epigenoma y el transcriptoma.
• La colocalización conservada de las marcas epigenómicas identificó con éxito secuencias reguladoras, con siete pares que muestran funciones reguladoras durante la diferenciación de células madre embrionarias.

Conclusiones:

• La epigenómica comparativa es un enfoque poderoso para descubrir las características reguladoras del genoma.
• Los patrones epigenómicos conservados proporcionan información sobre la regulación del genoma más allá de las comparaciones de secuencias.
• Este método mejora la anotación funcional de las secuencias de ADN reguladoras.