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DNA Extraction from 0.22 μM Sterivex Filters and Cesium Chloride Density Gradient Centrifugation
Published on: September 18, 2009
Diversidad genética en el bacterioplancton del mar de los Sargazos
S J Giovannoni1, T B Britschgi, C L Moyer
1Department of Microbiology, Oregon State University, Corvallis 97331.
Las comunidades de bacterioplancton marino son diversas, con nuevos grupos microbianos como SAR11 identificados en el Mar de los Sargazos. El análisis genético revela linajes inesperados, desafiando la comprensión previa de los ecosistemas microbianos.
Área de la Ciencia:
- Microbiología marina microbiología marina.
- Ecología molecular ecología molecular.
- Biogeoquímica La biogeoquímica es la bioquímica.
Sus antecedentes:
- El bacterioplancton impulsa los ciclos biogeoquímicos marinos, pero su composición de especies y diversidad genética siguen siendo poco conocidas.
- Los métodos tradicionales de cultivo microbiano son insuficientes para caracterizar las poblaciones dominantes de bacterioplancton marino, lo que lleva a discrepancias en las estimaciones de diversidad.
Objetivo del estudio:
- Para analizar filogenéticamente las comunidades de bacterioplancton en el Mar de los Sargazos utilizando secuencias genéticas de ARN ribosomal 16S (ARNr).
- Identificar nuevos linajes microbianos y evaluar la diversidad genética dentro de las poblaciones de bacterioplancton marino.
Principales métodos:
- Análisis filogenético de las bibliotecas de clones de genes de ARNr 16S de eubacterias.
- Amplificación de los genes de ARNr 16S del picoplancton del Mar de los Sargazos utilizando la reacción en cadena de la polimerasa (PCR).
Principales resultados:
- Identificación de un nuevo grupo microbiano, el grupo SAR11, como un componente significativo del bacterioplancton oligotrófico.
- Observación de un segundo grupo de linajes relacionados con los fotótrofos oxigenados (cianobacterias, proclorófitos, cloroplastos).
- Falta de coincidencias entre los genes de ARNr observados y las cianobacterias marinas cultivadas de entornos similares, lo que pone de relieve los sesgos de cultivo.
Conclusiones:
- El cúmulo SAR11 representa un componente importante y previamente no reconocido del bacterioplancton marino.
- La diversidad genética observada sugiere que las comunidades de bacterioplancton marino son complejos consorcios de linajes independientes.
- Las técnicas de cultivo actuales pueden no representar con precisión las especies dominantes en los ecosistemas microbianos marinos.
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