La competencia directa entre hnRNP C y U2AF65 protege el transcriptoma de la exonización de los elementos Alu

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología Molecular Biología Molecular
• El Splicing de ARN y ARN.

Sus antecedentes:

• El genoma humano contiene aproximadamente 650.000 elementos Alu dentro de regiones transcritas.
• Los elementos alu poseen sitios de empalme crípticos, lo que plantea un riesgo de inclusión aberrante en transcripciones maduras y amenaza la integridad del transcriptoma.
• Los mecanismos moleculares que impiden la exonización del elemento Alu siguen siendo en gran medida desconocidos.

Objetivo del estudio:

• Para dilucidar el mecanismo por el cual el transcriptoma humano está protegido de la exonización aberrante de elementos transponibles.
• Investigar el papel de la proteína de unión al ARN hnRNP C en la prevención de la inclusión del elemento Alu.

Principales métodos:

• iCLIP cuantitativo (inmunoprecipitación de enlace cruzado de resolución de nucleótido individual) para mapear las interacciones de las proteínas de unión al ARN.
• Los ensayos de Minigene estudian los eventos de empalme y el impacto de las mutaciones.
• Análisis de la unión de hnRNP C y U2AF65 en sitios de empalme genuinos y crípticos.

Principales resultados:

• hnRNP C compite con el factor de empalme U2AF65 en numerosos sitios de empalme, incluidos los de los elementos Alu.
• La pérdida de la función hnRNP C resulta en la formación de exones Alu previamente suprimidos, lo que lleva a una interrupción significativa de la función de la transcripción.
• Se descubrió que las mutaciones asociadas a la enfermedad dentro de los elementos Alu perjudicaban la unión a C del hnRNP, lo que explica sus efectos perjudiciales.

Conclusiones:

• hnRNP C actúa como un centinela de todo el genoma al evitar que U2AF65 se una a los elementos Alu, salvaguardando así la integridad del transcriptoma.
• Este mecanismo es crucial para proteger el transcriptoma humano de los efectos perjudiciales de los elementos transponibles.
• Los hallazgos tienen implicaciones significativas para la comprensión de la evolución humana y la base genética de las enfermedades asociadas con los elementos Alu.