La filogenia bacteriana estructura los resistomes del suelo a través de los hábitats

Área de la Ciencia:

• Microbiología ambiental microbiología ambiental.
• La genómica es la genómica.
• La resistencia a los antibióticos es la resistencia a los antibióticos.

Sus antecedentes:

• Diversos genes de resistencia a los antibióticos (ARGs) existen en el suelo, que se superponen con los de los patógenos humanos.
• Los factores que influyen en la composición de ARG del suelo y la movilidad entre hábitats son en gran medida desconocidos.
• Se supone que los ARG son móviles, lo que podría desacoplar los resistomas de la filogenia.

Objetivo del estudio:

• Para investigar la relación entre la estructura de la comunidad bacteriana y la composición de ARG en el suelo.
• Determinar los factores que influyen en el contenido de ARG en los suelos agrícolas y de pastizales.
• Evaluar la movilidad de los ARG en los ambientes del suelo.

Principales métodos:

• Selecciones funcionales metagenómicas para la resistencia a 18 antibióticos en 18 muestras de suelo.
• Análisis del contenido de ARG y correlación con la filogenia y taxonomía microbiana.
• Investigación de los elementos de movilidad asociados con los ARG.

Principales resultados:

• Descubrió 2.895 ARG, en su mayoría nuevos, que representan los principales mecanismos de resistencia.
• Diferentes tipos de suelos albergan resistomas distintos; el fertilizante de nitrógeno influyó significativamente en el contenido de ARG.
• La composición del resistoma está fuertemente correlacionada con la estructura filogenética y taxonómica microbiana.
• Los elementos de movilidad sinténicos con ARG eran raros en el suelo en comparación con los patógenos.

Conclusiones:

• La composición de la comunidad bacteriana es el principal determinante del contenido de ARG en el suelo.
• La transferencia horizontal de genes puede no desacoplar los resistomas del suelo de la filogenia tan fácilmente como se hipotetizó anteriormente.
• Los resistomas del suelo están más influenciados por la ecología microbiana que por la transferencia de genes móviles generalizada.