Los conductores putativos de la regulación cis en el cáncer colorrectal

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología del cáncer Biología del cáncer.
• Oncología Molecular Oncología Molecular

Sus antecedentes:

• Los efectos cis-reguladores son menos estudiados en la tumorigénesis en comparación con las alteraciones del genoma codificador de proteínas.
• Comprender estos efectos es crucial para una visión integral del desarrollo del cáncer.

Objetivo del estudio:

• Para investigar los efectos cis-reguladores en el desarrollo del cáncer colorrectal (CRC).
• Identificar nuevos genes impulsores del cáncer y mecanismos reguladores en el CRC.

Principales métodos:

• Secuenciación de ARN de 103 muestras coincidentes de tumor y mucosas normales del colon de pacientes daneses con CCR.
• Análisis de la expresión específica de alelos (ASE) para evaluar la influencia del genotipo de la línea germinal en la expresión génica.
• Identificación de la expresión de los loci de rasgos cuantitativos (eQTL) en muestras normales y tumorales.

Principales resultados:

• Descubrieron 71 genes con un exceso de efectos somáticos cis-reguladores en el CRC, lo que sugiere roles potenciales de conducción.
• Se identificaron 1.693 y 948 eQTL en muestras normales y tumorales, respectivamente.
• Se encontró que el 36% de los eQTL tumorales son específicos del CRC, influenciados por factores de transcripción y metilación.

Conclusiones:

• Los genotipos de la línea germinal impactan significativamente la expresión génica alélica en los tumores.
• Los eQTL específicos del tumor se enriquecen para los bajos valores de P de CRC GWAS y acumulan más mutaciones somáticas, lo que indica potenciales impulsores de cáncer derivados de la línea germinal.
• La integración de datos genómicos y transcriptómicos revela numerosos cambios cis-reguladores implicados en la tumorigénesis del CRC.