Determinación e inferencia de la especificidad de la secuencia del factor de transcripción eucariota

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología Molecular Biología Molecular
• La bioinformática es la bioinformática.

Sus antecedentes:

• Las preferencias de la secuencia de ADN del factor de transcripción (TF) son cruciales para la regulación génica, pero se sabe que son una pequeña fracción de los TF eucariotas.
• Comprender el enlace TF es esencial para descifrar complejas redes de transcripción.

Objetivo del estudio:

• Para determinar las preferencias de secuencia de ADN para un gran número de TFs eucariotas.
• Desarrollar un método para inferir motivos vinculantes del TF para una gama más amplia de TFs.
• Crear un recurso valioso para el mapeo de las redes de transcripción eucarióticas.

Principales métodos:

• Se determinaron las preferencias de secuencia de ADN para más de 1.000 TF de 131 eucariotas diversos, que cubren 54 clases de dominio de unión al ADN (DBD).
• Utilizó la similitud de secuencia de DBDs estrechamente relacionados para inferir motivos de enlace TF.
• Se analizó el enriquecimiento de los sitios de unión de TF en picos de secuenciación de inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-seq) y regiones promotoras.

Principales resultados:

• Preferencias de secuencia de ADN establecidas para >1,000 TFs, expandiendo significativamente el paisaje conocido de motivos de TF.
• Desarrolló un método para inferir motivos para aproximadamente el 34% de los TFs eucarióticos conocidos o pronosticados basados en la similitud de DBD.
• Se ha demostrado el enriquecimiento de los sitios de unión de TF medidos e inferidos en las regiones reguladoras y se han identificado alteraciones del sitio de unión de TF por SNPs asociados a enfermedades.

Conclusiones:

• Este estudio proporciona un recurso completo de las preferencias de secuencias de ADN TF y los motivos de unión entre eucariotas.
• Los hallazgos permiten una predicción más precisa de la unión a TF y facilitan el estudio de la regulación génica.
• La biblioteca de motivos desarrollada es una herramienta poderosa para identificar los TF afectados por las variaciones genéticas, incluidos los alelos de riesgo de enfermedades humanas.