Redes de factores de transcripción centradas en genes humanos para potenciadores y variantes de enfermedades

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• Biología Molecular Biología Molecular
• Genética La genética.

Sus antecedentes:

• Las redes reguladoras de genes (GRNs) son cruciales para el desarrollo y la fisiología, ya que implican interacciones entre los factores de transcripción (TF) y los elementos reguladores del ADN.
• La mayoría de las mutaciones asociadas a enfermedades ocurren en regiones no codificantes, pero los métodos actuales de mapeo de GRN no pueden evaluar la unión de TF al ADN normal y mutado simultáneamente.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar un método de alto rendimiento para mapear GRNs humanos y caracterizar el impacto de mutaciones no codificantes en la unión de TF.
• Identificar los factores de transcripción que se unen a los loci reguladores de tipo silvestre y mutante.

Principales métodos:

• Utilizamos ensayos de levadura centrada en genes un híbrido (eY1H) para probar la unión de 1.086 TFs humanos a 246 potenciadores y 109 mutaciones de enfermedades no codificantes.
• Se evaluaron los cambios en la interacción de TF con los loci mutantes en comparación con los potenciadores de tipo salvaje.

Principales resultados:

• Se detectó tanto la pérdida como la ganancia de las interacciones de TF con los loci mutantes.
• Se observó que los cambios en la unión de TF a los loci mutantes eran concordantes con las alteraciones en la expresión génica diana.
• Demostró la utilidad de los ensayos eY1H para la caracterización de variantes de alto rendimiento.

Conclusiones:

• Los ensayos eY1H establecidos como una herramienta poderosa para el mapeo de GRNs humanos.
• Mostró la capacidad de los ensayos de eY1H para la caracterización de alto rendimiento de las variantes genómicas, incluidas las mutaciones de enfermedades no codificantes identificadas por estudios de asociación de todo el genoma (GWAS).