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Leveraging CyVerse Resources for De Novo Comparative Transcriptomics of Underserved Non-model Organisms
Published on: May 9, 2017
El uso de modelos a escala genómica para predecir las capacidades biológicas
Edward J O'Brien1, Jonathan M Monk2, Bernhard O Palsson3
1Department of Bioengineering, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA; Bioinformatics and Systems Biology Program, University of California, San Diego, La Jolla, CA 92093, USA.
Los métodos de reconstrucción y análisis basados en restricciones (COBRA) predicen las funciones celulares y los efectos de nocaut genético. Estos modelos a escala del genoma son valiosos para la ingeniería metabólica y los estudios evolutivos.
Área de la Ciencia:
- Biología de sistemas Biología de sistemas.
- La ingeniería metabólica es una ingeniería metabólica.
- La genómica es la genómica.
Sus antecedentes:
- Los métodos de reconstrucción y análisis basados en restricciones (COBRA) han evolucionado significativamente desde mediados de la década de 1990.
- Los modelos a escala genómica son cada vez más capaces de predecir las funciones celulares.
Objetivo del estudio:
- Introducir a los lectores a los métodos de reconstrucción y análisis basados en restricciones (COBRA).
- Para resaltar las aplicaciones de COBRA en varios campos científicos.
Principales métodos:
- Desarrollo de modelos a escala del genoma.
- Utilizando COBRA para predecir los fenotipos celulares.
- Analizar el impacto de las modificaciones genéticas.
Principales resultados:
- Los métodos COBRA pueden predecir con precisión el crecimiento celular en diferentes sustratos.
- Estos métodos pronostican efectivamente las consecuencias de los nocauts genéticos.
- Utilidad demostrada en la predicción de un rango de funciones celulares.
Conclusiones:
- Los métodos COBRA ofrecen herramientas poderosas para comprender el metabolismo y la función celular.
- Las aplicaciones abarcan la ingeniería metabólica, el diseño de antibióticos y la biología evolutiva.
- Esta guía sirve como una introducción a estas técnicas impactantes.
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