La accesibilidad de la cromatina unicelular revela los principios de la variación reguladora

Área de la Ciencia:

• La genómica es la genómica.
• La epigenética es la epigenética.
• Biología celular Biología celular.

Sus antecedentes:

• La variación de célula a célula es crucial en biología, impactando el desarrollo y la enfermedad.
• Los mecanismos que generan esta variabilidad de ADN idéntico son poco conocidos.

Objetivo del estudio:

• Para mapear la variación reguladora del ADN a nivel de una sola célula.
• Identificar los principios que rigen la variación reguladora del ADN de los mamíferos.

Principales métodos:

• Desarrolló una plataforma microfluídica que integra el ensayo para la cromatina accesible a la transposasa utilizando la secuenciación (ATAC-seq).
• ATAC-seq de una sola célula (scATAC-seq) aplicado para perfilar genomas celulares individuales.
• Analizó la varianza de accesibilidad asociada con los factores de transformación y los elementos cis.

Principales resultados:

• Los perfiles scATAC-seq reflejan la mayor parte de ATAC-seq, ofreciendo información sobre la variación de célula a célula.
• Factores trans identificados que inducen o suprimen la variabilidad.
• Descubrió patrones de variabilidad específicos del tipo de célula y los vinculó a la organización tridimensional del genoma.

Conclusiones:

• El análisis de la accesibilidad del ADN de una sola célula proporciona nuevos conocimientos sobre el "reguloma".
• Este enfoque avanza en la comprensión de los mecanismos fundamentales que impulsan la heterogeneidad celular.