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Una pantalla CRISPR de todo el genoma en las células inmunes primarias para diseccionar las redes reguladoras
- Oren Parnas 1, Marko Jovanovic 1, Thomas M Eisenhaure 2, Rebecca H Herbst 3, Atray Dixit 4, Chun Jimmie Ye 5, Dariusz Przybylski 1, Randall J Platt 6, Itay Tirosh 1, Neville E Sanjana 7, Ophir Shalem 8, Rahul Satija 9, Raktima Raychowdhury 1, Philipp Mertins 1, Steven A Carr 1, Feng Zhang 10, Nir Hacohen 11, Aviv Regev 12
- 1Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
- 2Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Center for Immunology and Inflammatory Diseases, Massachusetts General Hospital, Charlestown, MA 02129, USA.
- 3Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Department of Systems Biology, Harvard Medical School, Boston, MA 02114, USA.
- 4Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Harvard-MIT Division of Health Sciences and Technology, Cambridge, MA 02139, USA.
- 5Institute for Human Genetics, Department of Epidemiology and Biostatistics, Department of Bioengineering and Therapeutic Sciences, University of California, San Francisco, San Francisco, CA 94143, USA.
- 6Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; McGovern Institute for Brain Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Department of Brain and Cognitive Sciences, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Department of Biological Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA.
- 7Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; McGovern Institute for Brain Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Department of Biological Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Stanley Center for Psychiatric Research, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
- 8Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; McGovern Institute for Brain Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA.
- 9New York Genome Center, New York, NY 10013, USA; New York University, Center for Genomics and Systems Biology, New York, NY 10012, USA.
- 10Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; McGovern Institute for Brain Research, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Department of Brain and Cognitive Sciences, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Department of Biological Engineering, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02139, USA; Stanley Center for Psychiatric Research, Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
- 11Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Center for Immunology and Inflammatory Diseases, Massachusetts General Hospital, Charlestown, MA 02129, USA; Department of Medicine, Harvard Medical School, Boston MA 02114.
- 12Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA; Department of Biology, Howard Hughes Medical Institute, Massachusetts Institute of Technology, Cambridge, MA 02140, USA.
- 0Broad Institute of MIT and Harvard, Cambridge, MA 02142, USA.
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Resumen
Este resumen es generado por máquina.Este estudio utilizó el cribado CRISPR en células dendríticas para encontrar genes que controlan la respuesta del factor de necrosis tumoral (Tnf) al lipopolisacárido (LPS). Los investigadores identificaron reguladores conocidos y nuevos, revelando nuevos conocimientos sobre los circuitos de las células inmunes innatas.
Área De La Ciencia
- Inmunología
- Biología celular
- La genética
Sus Antecedentes
- La disección de circuitos celulares en los mamíferos es un reto.
- Comprender las respuestas inmunes innatas, como la inducción de Tnf por LPS a través de Tlr4, es crucial para la defensa del huésped.
Objetivo Del Estudio
- Identificar los genes que controlan la inducción de Tnf por LPS en las células dendríticas utilizando una pantalla de todo el genoma.
- Categorizar funcionalmente los genes recién identificados dentro de las vías inmunológicas innatas.
Principales Métodos
- Cribado de la biblioteca combinada CRISPR-Cas9 en todo el genoma en células dendríticas.
- Validación de genes candidatos mediante la medición de marcadores de proteínas y perfiles de ARNm.
- Clasificación funcional de los genes en módulos basados en la respuesta LPS.
Principales Resultados
- Se han identificado docenas de nuevos reguladores conocidos de la señalización Tlr4.
- Validar los genes candidatos y clasificarlos en tres módulos funcionales.
- Las funciones destacadas de los complejos de PAF y oligosacáriltransferasa (OST) en la respuesta LPS.
Conclusiones
- Descubrió nuevos componentes y funciones dentro de los circuitos inmunes innatos.
- Proporcionó un enfoque genético para diseccionar circuitos celulares de mamíferos.
- Conocimiento avanzado de las respuestas de las células dendríticas a estímulos bacterianos.
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