Variación de la población y control genético de la arquitectura modular de la cromatina en humanos

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La epigenética
• Regulación genética

Sus antecedentes:

• La variación del estado de la cromatina en los elementos reguladores de genes es común entre los individuos.
• Los fundamentos genéticos de esta variabilidad no se comprenden bien.

Objetivo del estudio:

• Para investigar la base genética de la variación del estado de la cromatina.
• Identificar los mecanismos moleculares que impulsan los cambios coordinados de la cromatina.

Principales métodos:

• El perfil de las modificaciones histónicas, los factores de transcripción (PU.1), la ARN polimerasa II y la expresión génica.
• Analizando datos de 47 líneas de células linfoblásticas secuenciadas en todo el genoma.
• Mapeo de los loci de rasgos cuantitativos de la cromatina (cQTL).

Principales resultados:

• Los distintos elementos cis-reguladores muestran una variación coordinada de la cromatina en los módulos variables de la cromatina (VCM).
• Los VCM se asocian con miles de genes y se agrupan dentro de los dominios de contacto cromosómico.
• Los cQTL proximales y distales explican gran parte de la variación de cromatina observada, mapeando a las regiones ligadas a TF.

Conclusiones:

• Las variaciones genéticas perturban las interacciones cooperativas entre los elementos cis-reguladores dentro de los dominios genómicos.
• Esto conduce a una variación local de la cromatina independiente de la secuencia y afecta la regulación génica.