El microbioma de la piel en la artritis psoriásica: desarrollo de la metodología y datos piloto

Área de la Ciencia:

• Microbiología
• La genómica
• La bioinformática

Sus antecedentes:

• La microbiota de la piel juega un papel crucial en el desarrollo de enfermedades inflamatorias como la artritis psoriásica.
• La comprensión de la composición del microbioma de la piel en las placas psoriásicas es esencial para avanzar en la investigación en esta área.

Objetivo del estudio:

• Determinar el diseño óptimo del estudio para la investigación del microbioma cutáneo utilizando la plataforma MiSeq.
• Para comparar los datos generados por dos pares de primeras y dos plataformas de secuenciación (MiSeq y Roche454) utilizando una comunidad bacteriana simulada.

Principales métodos:

• Extracción de ADN de comunidades simuladas y muestras de piel de voluntarios sanos.
• Amplificación de las regiones hipervariables del gen 16S rRNA (V1-V3 y V3-V4) utilizando pares específicos de primeras.
• Secuenciación en las plataformas MiSeq y Roche454, seguido del procesamiento de datos mediante el software QIIME.

Principales resultados:

• La región hipervariable V3-V4 demostró una captura superior de la diversidad bacteriana en comparación con la región V1-V3.
• Se observó una alta concordancia (98,9-99,8%) dentro de cada plataforma, con un impacto mínimo de la contaminación del ADN humano.
• Las plataformas MiSeq y Roche454 mostraron una alta concordancia (87%) a nivel familiar cuando se utilizó la región V3-V4.

Conclusiones:

• La secuenciación de la región hipervariable del ARNr V3-V4 16S en la plataforma MiSeq da resultados concordantes, comparables a los de la plataforma Roche454.
• La plataforma MiSeq y los primers seleccionados ofrecen un método fiable y comparable para el perfil de la microbiota cutánea.