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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
Before the discovery of RNA-seq, microarray-based methods and Sanger sequencing were used for transcriptome analysis. However, while...
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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
Applications of ribosome profiling
Ribosome profiling has many applications, including in vivo monitoring of translation inside a particular organ or tissue type and quantifying new protein synthesis levels.
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Diseño y análisis de experimentos de secuenciación de células únicas

Dominic Grün1, Alexander van Oudenaarden2

  • 1Hubrecht Institute-KNAW (Royal Netherlands Academy of Arts and Sciences), 3584 CT Utrecht, the Netherlands; University Medical Center Utrecht, Cancer Genomics Netherlands, 3584 CX Utrecht, the Netherlands; Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics, D-79108 Freiburg, Germany.

Cell
|November 7, 2015
PubMed
Resumen

La secuenciación de una sola célula ofrece información biológica de alta resolución, revelando mutaciones somáticas y tipos de células. Este manual guía a los investigadores a través del diseño experimental y el análisis de datos para estas complejas técnicas genómicas y transcriptómicas.

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Área de la Ciencia:

  • La genómica
  • Biología molecular
  • La bioinformática

Sus antecedentes:

  • La secuenciación de una sola célula proporciona una resolución sin precedentes para el análisis de sistemas biológicos.
  • La secuenciación genómica de células individuales identifica las mutaciones somáticas y la dinámica clonal.
  • La secuenciación del transcriptoma de células individuales aclara la composición del tipo de célula de la muestra.

Objetivo del estudio:

  • Proporcionar una visión general de los métodos de secuenciación de una sola célula disponibles.
  • Discutir aspectos críticos del diseño experimental para estudios de una sola célula.
  • Para guiar a los investigadores en el análisis de datos complejos de una sola célula.

Principales métodos:

  • Visión general de varias tecnologías de secuenciación de una sola célula.
  • Directrices para el diseño de experimentos de una sola célula.
  • Introducción a las líneas de análisis de datos de una sola célula.

Principales resultados:

  • La secuenciación de una sola célula permite una investigación detallada de la variación genómica y transcriptómica a nivel celular.
  • El diseño experimental eficaz es crucial para superar los desafíos técnicos en la secuenciación de una sola célula.
  • Las estrategias adecuadas de análisis de datos son esenciales para interpretar conjuntos de datos complejos de una sola célula.

Conclusiones:

  • La secuenciación de una sola célula es una herramienta poderosa para el descubrimiento biológico.
  • Esta guía tiene como objetivo facilitar una adopción más amplia y una utilización efectiva de las técnicas de secuenciación de células únicas.
  • Los investigadores pueden aprovechar estas pautas para aprovechar el potencial de la secuenciación de una sola célula para sus estudios.