Las características del cistroma y el epicistroma dan forma al paisaje regulador del ADN

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La epigenética

Sus antecedentes:

• El cistroma representa todos los sitios de unión del factor de transcripción (TF) en un organismo.
• El epicistroma integra la unión de TF con las modificaciones químicas del ADN y las sensibilidades de TF.
• La comprensión de las redes de transcripción requiere métodos robustos de mapeo de cistromo y epicistromo.

Objetivo del estudio:

• Introducir la secuenciación de purificación de afinidad del ADN (DAP-seq) como un método de alto rendimiento para el descubrimiento del sitio de unión de TF.
• Para construir un mapa completo del cistromo para Arabidopsis.
• Para investigar la sensibilidad de TF a la metilación del ADN.

Principales métodos:

• Se utilizó la secuenciación de purificación de afinidad de ADN (DAP-seq) para identificar los sitios de unión a TF.
• Se utilizaron TF expresados in vitro para interrogar el ADN genómico.
• Se analizaron los TF de Arabidopsis y sus motivos de unión.

Principales resultados:

• El cistroma de Arabidopsis se definió mediante la resolución de motivos y picos para 529 TF utilizando DAP-seq.
• >75% de los TF de Arabidopsis encuestados demostraron sensibilidad a la metilación.
• DAP-seq proporcionó información sobre la biología de TF y la arquitectura del sitio de enlace.

Conclusiones:

• DAP-seq es una herramienta valiosa para una anotación cistrómica y epicistrómica rentable.
• La sensibilidad a la metilación de TF tiene un impacto significativo en el paisaje del epicistromo.
• Este método ayuda a dilucidar las complejas redes reguladoras de transcripción.