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RNA-seq03:21

RNA-seq

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RNA sequencing, or RNA-Seq, is a high-throughput sequencing technology used to study the transcriptome of a cell. Transcriptomics helps to interpret the functional elements of a genome and identify the molecular constituents of an organism. Additionally, it also helps in understanding the development of an organism and the occurrence of diseases. 
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Ribosome Profiling02:24

Ribosome Profiling

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Ribosome profiling or ribo-sequencing is a deep sequencing technique that produces a snapshot of active translation in a cell. It selectively sequences the mRNAs protected by ribosomes to get an insight into a cell’s translation landscape at any given point in time.
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TT-seq mapea el transcriptoma transitorio humano

Björn Schwalb1, Margaux Michel1, Benedikt Zacher2

  • 1Department of Molecular Biology, Max Planck Institute for Biophysical Chemistry, Am Faßberg 11, 37077 Göttingen, Germany.

Science (New York, N.Y.)
|June 4, 2016
PubMed
Resumen
Este resumen es generado por máquina.

La secuenciación transitorio del transcriptoma (TT-seq) mapea todos los tipos de ARN, revelando ARN potenciadores de corta duración e identificando los sitios de terminación de la transcripción. Este método proporciona una visión completa de la dinámica de síntesis y degradación del ARN en todo el genoma.

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Área de la Ciencia:

  • La genómica
  • Biología molecular
  • Las transcripciones

Sus antecedentes:

  • El genoma produce continuamente varias moléculas de ARN, incluidas las formas estables y transitorias.
  • Comprender el espectro completo de la producción y rotación de ARN es crucial para descifrar la regulación génica.

Objetivo del estudio:

  • Desarrollar y aplicar un nuevo método, el secuenciamiento transitorio del transcriptoma (TT-seq), para el mapeo integral de las unidades productoras de ARN.
  • Para estimar la síntesis de ARN y las tasas de degradación en todo el genoma.
  • Caracterizar los ARN transitorios, incluidos los ARN potenciadores, e identificar los sitios de terminación de la transcripción.

Principales métodos:

  • Desarrollo del protocolo de secuenciación transitorio del transcriptoma (TT-seq).
  • Aplicación de TT-seq a las células K562 humanas.
  • Análisis bioinformático de datos de secuenciación para mapear las especies de ARN y los sitios de terminación.

Principales resultados:

  • TT-seq mapeó con éxito ARN mensajeros estables, ARN largos no codificantes y varios ARN transitorios (potenciadores, antisenso, asociados con promotores).
  • Los ARN potenciadores se caracterizaron como moléculas de corta duración que carecen de motivos U1 y una estructura secundaria significativa.
  • Se identificaron múltiples sitios de terminación de la transcripción, asociados con un motivo de ADN que promueve la pausa de la ARN polimerasa.

Conclusiones:

  • TT-seq ofrece un enfoque uniforme para perfilar todo el transcriptoma, que abarca tanto las especies de ARN estables como las transitorias.
  • El estudio proporciona nuevos conocimientos sobre las características y la regulación de los ARN transitorios, en particular los ARN potenciadores.
  • La identificación de los sitios de terminación de la transcripción avanza en la comprensión del procesamiento del ARN y la regulación del genoma.