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Phthalic Acid Ester-Binding DNA Aptamer Selection, Characterization, and Application to an Electrochemical Aptasensor
Published on: March 21, 2018
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Aislamiento de secuencias de ADN genómico humano con selectividad de base nuclear expandida
Preeti Rathi1, Sara Maurer1, Grzegorz Kubik1
1Department of Chemistry and Chemical Biology, Technical University of Dortmund , Otto-Hahn-Str. 6, 44227 Dortmund, Germany.
Journal of the American Chemical Society
|July 19, 2016
Resumen
Los investigadores desarrollaron un nuevo método utilizando efectores similares a activadores de transcripción (TALEs) diseñados para aislar y cuantificar con precisión las secuencias de ADN, incluidas las modificaciones epigenéticas como la 5-metilcitosina (5mC), directamente del genoma humano.
Área de la Ciencia:
- Biología molecular
- La genómica
- La epigenética
Sus antecedentes:
- La detección precisa de modificaciones epigenéticas, como la 5-metilcitosina (5mC), es crucial para comprender la regulación genética y la enfermedad.
- Los métodos actuales como la inmunoprecipitación de ADN metilado (MeDIP) tienen limitaciones en la sensibilidad y la resolución.
Objetivo del estudio:
- Desarrollar un nuevo método para el aislamiento programable y la cuantificación de secuencias específicas de ADN, incluidas las nucleobases epigenéticas.
- Comparar el rendimiento de los efectores similares a activadores de transcripción (TALEs) con las sondas de afinidad existentes para el análisis de 5mC.
Principales métodos:
- Utilizó TALEs diseñados como sondas de unión de ranuras principales de ADN para el enriquecimiento de afinidad.
- Se han desarrollado repeticiones TALE de tamaño reducido con perfiles de selectividad establecidos para las nucleobases de citosina humana.
- Se ha demostrado la cuantificación directa de los niveles de 5mC a resolución de un solo nucleótido de manera específica para cada cadena.
Principales resultados:
- Los TALEs permitieron el aislamiento directo de secuencias de ADN definidas por el usuario con selectividad programable para nucleobases canónicas y epigenéticas.
- Se ha logrado una sensibilidad, resolución y facilidad técnicas superiores a los métodos basados en anticuerpos (por ejemplo, MeDIP).
- Se demostró la tipificación multiplexa de biomarcadores epigenéticos del cáncer (5mC) utilizando mezclas TALE personalizadas e identificó la selectividad para la 5-hidroximetilcitosina y la 5-formilcitosina.
Conclusiones:
- Los TALEs diseñados ofrecen una herramienta poderosa y versátil para el aislamiento preciso de la secuencia de ADN y el análisis epigenético.
- Este enfoque basado en TALE avanza significativamente la capacidad para la cuantificación específica de cadenas de ADN de alta resolución.
- La tecnología es prometedora para mejorar el diagnóstico y la investigación en epigenética del cáncer y más allá.
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