Mapeo sistemático de las conexiones funcionales potenciador-promotor con interferencia CRISPR

Área de la Ciencia:

• Genómica y Biología Molecular
• Epigenética y regulación genética

Sus antecedentes:

• La expresión génica de los mamíferos se basa en elementos no codificantes, pero sus funciones y genes objetivo son en gran medida desconocidos.
• Comprender estos elementos es crucial para descifrar los procesos fisiológicos y los mecanismos de la enfermedad.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y aplicar un enfoque de interferencia CRISPR de alto rendimiento (CRISPRi) para descubrir elementos reguladores de genes e identificar sus genes diana.
• Investigar los elementos reguladores cercanos a los factores de transcripción esenciales MYC y GATA1.

Principales métodos:

• Utilizó interferencia de repeticiones palíndromas cortas agrupadas regularmente (CRISPR) (CRISPRi) para el cribado de alto rendimiento.
• Evaluado en 1 megabase de secuencia en las proximidades de MYC y GATA1.
• Análisis del estado de la cromatina y de la conformación cromosómica.

Principales resultados:

• Identificaron nueve potenciadores distales que regulan la expresión génica y la proliferación celular.
• Se encontraron siete potenciadores para regular el MYC, distinguidos por las características cuantitativas de la cromatina.
• Desarrolló una estrategia para predecir la conectividad potenciador-promotor basada en datos de cromatina y conformación.

Conclusiones:

• El enfoque basado en CRISPRi es eficaz para descubrir elementos reguladores y sus genes diana.
• Este método puede diseccionar redes transcripcionales complejas.
• Ofrece una forma de interpretar el papel de la variación genética no codificante en las enfermedades humanas.