Estructura variable de la cromatina revelada por el mapeo de la escisión del ADN correlacionado espacialmente in situ

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genómica
• La epigenética

Sus antecedentes:

• La estructura secundaria de la cromatina, específicamente las interacciones nucleosoma-nucleosoma, es crucial para la regulación génica, pero se entiende mal.
• El conocimiento existente se centra en la estructura de un solo nucleosoma o en el bucle de cromatina de largo alcance.

Objetivo del estudio:

• Para generar el primer mapa de todo el genoma de la conformación de la cromatina humana en la escala de 1-3 nucleosomas (50-500 bp).
• Investigar el impacto de las modificaciones histónicas en los patrones de interacción de los nucleosomas.

Principales métodos:

• Se utilizó la escisión espacialmente correlacionada de ADN inducida por radiación ionizante con secuenciación (RICC-seq) para detectar contactos ADN-ADN proximales.
• Se han analizado los datos RICC-seq para mapear la conformación de la cromatina a nivel de interacción nucleosómica.

Principales resultados:

• Enriquecimiento regional identificado de las interacciones nucleosómicas alternas dentro de las unidades tri-nucleosómicas, especialmente en la heterocromatina marcada H3K9me3.
• Probabilidades de contacto de nucleosomas distintas inferidas en la cromatina abierta, marcada H3K27me3 y marcada H3K9me3.
• Las fibras helicoidales compactas de dos inicios con nucleosomas alternados apilados son consistentes con los datos de cromatina marcados por H3K9me3.

Conclusiones:

• La arquitectura de la cromatina en los núcleos interfásicos implica la compactación longitudinal variable de las fibras helicoidales de dos arranques.
• Los hallazgos proporcionan información sobre cómo la estructura de la cromatina en la escala del nucleosoma influye en la accesibilidad y la transcripción del ADN.