La pantalla de activación a escala de genoma identifica un locus lncRNA que regula el vecindario de un gen

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• Investigación del cáncer

Sus antecedentes:

• Los genomas de los mamíferos contienen numerosos loci de ARN no codificante largo (ARNlnc) involucrados en los procesos celulares.
• Mientras que algunos lncRNA actúan en trans, muchos regulan los genes cercanos en cis.
• La identificación de los loci lncRNA funcionales y sus mecanismos sigue siendo un desafío.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar una pantalla de activación de CRISPR-Cas9 a escala genómica para identificar los loci funcionales del lncRNA.
• Descubrir los loci no codificantes que influyen en fenotipos específicos, como la resistencia a los medicamentos.

Principales métodos:

• Una pantalla de activación de CRISPR-Cas9 en todo el genoma dirigida a más de 10.000 sitios de inicio de transcripción de lncRNA.
• Análisis fenotípico de las células de melanoma tras la activación del lncRNA.
• Caracterización detallada de los loci de lncRNA candidatos, incluido el EMICERI.

Principales resultados:

• Se identificaron 11 loci de lncRNA que median la resistencia a los inhibidores de BRAF en las células de melanoma humano.
• La mayoría de los loci de lncRNA identificados parecen regular la expresión de genes cercanos.
• La activación transcripcional de EMICERI condujo a la activación dependiente de la dosis de cuatro genes vecinos codificadores de proteínas, lo que confiere resistencia.

Conclusiones:

• La pantalla de activación CRISPR-Cas9 desarrollada es efectiva para descubrir las funciones de los loci no codificantes.
• Los lncRNA juegan un papel importante en la regulación de la expresión génica y las funciones celulares, incluida la resistencia a los medicamentos.
• Este enfoque proporciona un conjunto de herramientas para la genómica funcional sistemática de los loci no codificantes.