Captura in situ de las interacciones de la cromatina por el dCas9 biotinilado

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La epigenética

Sus antecedentes:

• Los elementos cisreguladores (CRE) son cruciales para la regulación génica, pero su composición molecular es en gran medida desconocida.
• Los métodos existentes a menudo se basan en características correlativas de la cromatina, lo que limita el descubrimiento de nuevos factores reguladores.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método imparcial para identificar los complejos proteicos reguladores de la cromatina específicos del lugar y las interacciones de ADN de largo alcance.
• Investigar la composición y la función de las ECR en el desarrollo humano y en las enfermedades.

Principales métodos:

• Purificación in situ por afinidad CRISPR de elementos reguladores (CAPTURE) utilizando un Cas9 biotinilado y con deficiencia de nucleasa y ARN guía.
• Aislamiento selectivo de alta resolución de las interacciones cromatínicas en los loci genómicos de una sola copia.
• Aplicación a los telómeros humanos, a los potenciadores de genes de la β-globina y a los elementos cis asociados a enfermedades.

Principales resultados:

• CAPTURE identificó con éxito factores teloméricos conocidos y nuevos.
• Se ha demostrado la organización jerárquica basada en la composición de los grupos de potenciadores.
• Se revelaron las características espaciales de los CREs que controlan causalmente la transcripción génica en el desarrollo y la enfermedad.

Conclusiones:

• El enfoque CAPTURE proporciona una herramienta poderosa para un análisis imparcial y exhaustivo de la composición regulatoria específica del lugar.
• Este método ofrece información mecanicista sobre la estructura y la función del genoma, lo que afecta nuestra comprensión del desarrollo y las enfermedades.