Dos modos independientes de organización de la cromatina revelados por la eliminación de la cohesión

Área de la Ciencia:

• La genómica
• La epigenética
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• La captura de la conformación cromosómica revela la organización jerárquica del genoma en compartimentos activos / inactivos y dominios topológicamente asociados (TAD).
• La formación, la interacción y el impacto funcional de estas capas organizativas siguen siendo incompletamente entendidas.

Objetivo del estudio:

• Investigar el papel del factor de carga de cohesión Nipbl en la configuración de la arquitectura del genoma.
• Para aclarar la relación entre TAD, compartimentos y paisajes epigenéticos.

Principales métodos:

• Se utilizaron modelos de hígado de ratón con deleción de pezones.
• Se emplean técnicas de captura de conformación cromosómica (por ejemplo, Hi-C) para analizar el plegamiento del genoma.
• Se evaluaron los cambios transcripcionales y los paisajes epigenéticos.

Principales resultados:

• La deleción de Nipbl eliminó globalmente los TAD y los picos de Hi-C asociados sin alterar la transcripción.
• La segregación compartimental del genoma se mantuvo e incluso mejoró.
• La pérdida de TADs reveló una estructura de compartimiento más fina que se correlaciona con los estados epigenéticos.

Conclusiones:

• La organización 3D del genoma surge de dos mecanismos distintos: compartimentos de escala fina independientes de la cohesión definidos por el estado de la cromatina.
• La formación de TAD dependiente de la cohesina, potencialmente a través de la extrusión en bucle, facilita las interacciones entre el potenciador y el gen.