Perfiles conjuntos de la accesibilidad a la cromatina y la expresión génica en miles de células individuales

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• La genómica
• Biología celular

Sus antecedentes:

• Los ensayos actuales de una sola célula generalmente miden solo un aspecto biológico.
• Hay necesidad de métodos que puedan perfilar conjuntamente múltiples características celulares a resolución de una sola célula.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar y validar sci-CAR, un ensayo combinatorio basado en la indexación para el perfilado conjunto de la accesibilidad de la cromatina y el ARNm (CAR) en células individuales.
• Para demostrar la utilidad de sci-CAR en el análisis de la dinámica celular y la regulación génica.

Principales métodos:

• sci-CAR: un ensayo basado en la indexación combinatoria.
• Aplicación a miles de células individuales, incluida una serie temporal de tratamiento con dexametasona y células renales de ratón adulto.
• Análisis de la accesibilidad de la cromatina en las articulaciones y datos de ARNm.

Principales resultados:

• Aplicado con éxito sci-CAR a 4825 y 11.296 células individuales.
• Permitió la comparación de la dinámica pseudotemporal entre la accesibilidad de la cromatina y la expresión génica.
• Reconstrucción facilitada de los perfiles de accesibilidad de la cromatina para los tipos celulares definidos por ARN.
• Se vincularon los sitios cis-reguladores a los genes objetivo utilizando el análisis de covarianza.

Conclusiones:

• sci-CAR proporciona una poderosa herramienta para el análisis conjunto multi-ómico de una sola célula.
• El método avanza nuestra capacidad para estudiar la regulación genética y la heterogeneidad celular.
• Permite vincular los elementos reguladores a la dinámica de la expresión génica en la resolución de una sola célula.