Los códigos de barras de proteínas permiten pantallas CRISPR de una sola célula de alta dimensión

Área de la Ciencia:

• Biología molecular
• Inmunología
• Biotecnología

Sus antecedentes:

• Las pantallas CRISPR son vitales para el descubrimiento de la función génica, pero están limitadas por la resolución del código de barras del ADN.
• Los métodos actuales basados en el ADN restringen las capacidades de fenotipo y carecen de resolución de una sola célula.

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un sistema de codificación de barras a nivel de proteínas (Pro-Codes) para mejorar el cribado CRISPR.
• Para permitir el fenotipo de una sola célula de alta dimensión para aplicaciones de genómica funcional más amplias.

Principales métodos:

• Códigos de barras de proteínas sintetizadas (Pro-Codes) utilizando combinaciones tripletas de epítopos lineales.
• Se introdujeron vectores Pro-Code en las células y se analizaron mediante citometría de masa CyTOF con 14 anticuerpos.
• Códigos Pro emparejados con CRISPR para el análisis simultáneo de marcadores fenotípicos, incluida la señalización de fosfo, en células knockout.

Principales resultados:

• Generó más de 100 códigos Pro únicos y detectó 364 poblaciones, creando el mayor conjunto de reporteros de proteínas.
• Se identificó a Psmb8 y Rtp4 como cruciales para la edición inmune dependiente de antígenos en las células cancerosas.
• Descubrió Socs1 como un regulador negativo del Ligando de Muerte Programado 1 (Pd-1).

Conclusiones:

• La tecnología Pro-Code permite un fenotipo simultáneo sin precedentes a nivel de proteínas de alta dimensión de cientos de genes con resolución de una sola célula.
• Este avance expande significativamente las capacidades para la genómica funcional y la investigación de descubrimiento de fármacos.