Perfilamiento de los factores de pluripotencia en células individuales y embriones tempranos

Área de la Ciencia:

• Biología del desarrollo
• La genómica
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• Las decisiones sobre el destino celular se basan en factores de transcripción (TF) que actúan en poblaciones celulares pequeñas.
• La identificación de sitios de unión de TF in vivo a nivel de una sola célula es un desafío con las tecnologías actuales.

Objetivo del estudio:

• Adaptar el ensayo CUT&RUN para perfilar los factores de transcripción en un número bajo de células, incluidas las células individuales.
• Investigar la ocupación del sitio de unión de TF y las dependencias en poblaciones de células raras.

Principales métodos:

• Adaptación de la escisión bajo objetivos y liberación utilizando el ensayo de nucleasa (CUT&RUN) para entradas ultrabajas (uliCUT&RUN).
• Aplicación de uliCUT&RUN para perfilar los factores de transcripción en células individuales y embriones individuales antes de la implantación.

Principales resultados:

• Los experimentos con células individuales muestran que solo una fracción de los sitios de unión de TF están ocupados en la mayoría de las células.
• La unión a la cromatina del NANOG TF de pluripotencia es altamente dependiente del complejo de remodelación de la cromatina SWI/SNF en los blastocistos individuales.

Conclusiones:

• La entrada ultra baja CUT&RUN (uliCUT&RUN) permite el perfil de unión de TF en todo el genoma en poblaciones de células raras.
• Esta técnica es valiosa para estudiar las funciones de TF en el desarrollo y la enfermedad, particularmente en contextos embrionarios.