Las mutaciones somáticas y la identidad celular vinculadas por el genotipado de transcriptomas

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Hematología
• Biología molecular

Sus antecedentes:

• Distinguir las células malignas de las normales es difícil sin marcadores de superficie específicos.
• Las mutaciones somáticas en las neoplasias mieloproliferativas (MPN) interrumpen el desarrollo normal de las células sanguíneas (hematopoyesis).

Objetivo del estudio:

• Desarrollar un método que integre el genotipado con la secuenciación de ARN de una sola célula para definir las identidades transcriptómicas de las células malignas.
• Investigar el impacto de las mutaciones CALR en la hematopoyesis humana en la resolución de una sola célula.

Principales métodos:

• Desarrolló el genotipado de transcriptomas (GoT), un nuevo método que combina el genotipado con la secuenciación de ARN de una sola célula basada en gotas.
• Se aplicó GoT para perfilar 38.290 células CD34+ de pacientes con MPN con mutación CALR.
• Extendido GoT para genotipar múltiples objetivos y loci distantes de los extremos de la transcripción.

Principales resultados:

• Se identificó una ventaja de aptitud creciente con la diferenciación mieloide en células con CALR mutado.
• Reveló la respuesta proteica desplegada como resultado predominante de las mutaciones CALR, dependiente de la identidad celular.
• Se observó una regulación al alza de la vía NF-κB específicamente en células madre no comprometidas.

Conclusiones:

• Las consecuencias transcripcionales de las mutaciones somáticas en las MPN dependen de la identidad celular.
• GoT proporciona una herramienta poderosa para diseccionar la heterogeneidad celular y el impacto de las mutaciones en sistemas biológicos complejos.