El complejo ChAHP contrarresta el bucle de cromatina en los sitios de CTCF que surgieron de las expansiones de SINE...

Área de la Ciencia:

• La genómica
• Biología molecular
• La epigenética

Sus antecedentes:

• El factor de unión CCCTC (CTCF) y la cohesión son cruciales para la organización tridimensional de la cromatina.
• Los dominios de asociación topológica (TAD) generalmente se conservan en todas las especies, pero los sitios de unión CTCF han divergido debido a la actividad del transposón.
• El motivo de consenso de CTCF por sí solo es insuficiente para predecir TAD, lo que indica que otros factores modulan la unión de CTCF y la formación de TAD.

Objetivo del estudio:

• Investigar el papel del complejo ChAHP en la modulación de la unión CTCF y la organización de la cromatina.
• Comprender cómo el ChAHP influye en la formación de TAD y la conservación evolutiva de la estructura de la cromatina.

Principales métodos:

• Análisis de los motivos de unión complejos CTCF y ChAHP.
• La edición del gen CRISPR-Cas9 para crear células knockout de Adnp.
• Evaluación del aislamiento de la cromatina y de los límites de la TAD en células de tipo salvaje y knockout.

Principales resultados:

• El complejo ChAHP (CHD4, ADNP, HP1) comparte motivos vinculantes con el CTCF.
• En las células knockout de Adnp, se formaron nuevas regiones aisladas en los sitios de ChAHP, y los límites de TAD existentes se debilitaron.
• El ChAHP se une preferentemente a los elementos transponibles SINE B2 conservados.

Conclusiones:

• El bucle de cromatina mediado por CTCF está modulado por el complejo ChAHP.
• El ChAHP juega un papel en el mantenimiento de la organización de la cromatina evolucionariamente conservada al amortiguar los nuevos sitios de unión CTCF introducidos por las expansiones de SINE.